Procedura należytej staranności obejmuje jasne tryby postępowania względem otrzymywanych faktur. Poza ogólnymi kwestiami należytej staranności VAT uwzględnia również aspekty bezpośrednio wynikające z KSeF – w tym kwestie otrzymywania faktur scamowych, modelu postępowania w przypadku otrzymywania wizualizacji faktur przed ich wysłaniem do KSeF, otrzymywania faktur z podejrzeniem nieprawidłowego wystawiania poza systemem KSeF, czy pominięcia obowiązku e-fakturowania.