Rachunek zamiast faktury dla NFZ? KIS rozwiewa wątpliwości
Choć rozliczenia z NFZ od lat opierają się na dokumentach określanych jako rachunki, na gruncie VAT nie powinno budzić większych wątpliwości, że dokumentowanie sprzedaży zwolnionej następuje fakturą. Najnowsza interpretacja KIS potwierdza, że rachunek generowany zgodnie z wymaganiami Funduszu nie może funkcjonować zamiast faktury ustrukturyzowanej.
Skąd wzięły się wątpliwości?
Sprawa rozstrzygnięta w interpretacji indywidualnej z 24 czerwca 2026 r. (nr 0114-KDIP4-2.4012.190.2026.2.MC) dotyczyła spółki będącej czynnym podatnikiem VAT i podmiotem leczniczym. Spółka świadczyła usługi medyczne finansowane przez NFZ, zwolnione z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT. Po zakończeniu okresu sprawozdawczego wystawiała w systemie NFZ elektroniczny rachunek zgodny z narzuconym szablonem. NFZ nie żądał wystawienia faktury.
Zdaniem spółki art. 106b ust. 2 ustawy o VAT zwalniał ją z obowiązku fakturowania sprzedaży zwolnionej, a wymagany przez przepisy dotyczące rozliczeń z NFZ rachunek pozostawał poza KSeF. Dyrektor KIS nie zaakceptował tego stanowiska.
KIS: jeżeli dokumentować, to fakturą
Organ przyznał, że przy sprzedaży zwolnionej podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury, jeżeli nabywca nie zgłosi żądania w ustawowym terminie. Jednocześnie uznał, że jeżeli podatnik decyduje się udokumentować czynność podlegającą regulacjom VAT, właściwym dokumentem może być wyłącznie faktura. Rachunek z art. 87 § 1 Ordynacji podatkowej nie stanowi jej ekwiwalentu, niezależnie od nazwy dokumentu użytej w przepisach regulujących rozliczenia z NFZ.
W konsekwencji świadczeniodawca objęty obowiązkowym KSeF powinien wystawić fakturę ustrukturyzowaną.
Potwierdzenie stanowiska na potrzeby KSeF
Rozstrzygnięcie nie jest przełomowe, ale ma praktyczne znaczenie dla tych świadczeniodawców, którzy nadal rozważali pozostawienie rachunków z NFZ poza KSeF. Dyrektor KIS przypomniał również, że korzystna interpretacja z 27 października 2025 r. (nr 0112-KDIL1-3.4012.657.2025.2.MR), dopuszczająca dalsze wystawianie rachunków poza KSeF, została zmieniona przez Szefa KAS 5 marca 2026 r. Jeżeli zatem ktoś miał jeszcze wątpliwości, czy dokument nazwany w regulacjach NFZ „rachunkiem” może zastąpić fakturę, omawiana interpretacja udziela jednoznacznej odpowiedzi: nie może.
Co powinny zrobić podmioty lecznicze? Jeżeli świadczeniodawca wystawia dokument rozliczeniowy dotyczący usług zwolnionych z VAT, powinien zadbać, aby był on fakturą spełniającą wymagania właściwe dla sprzedaży zwolnionej. Po objęciu obowiązkowym KSeF faktura ta powinna zostać wystawiona w postaci ustrukturyzowanej. Równolegle może być konieczne przekazanie danych lub dokumentów wymaganych w systemie NFZ.
