Spór sądowy o fakturę a prawo do odliczenia VAT. Niekorzystne stanowisko KIS

Wysłane przez Natalia Pawlikowski

Kategorie VAT

Data 29 październik 2026

Czy wieloletni spór sądowy z kontrahentem może pozbawić podatnika prawa do odliczenia VAT? Okazuje się, że tak. Nawet jeśli podatnik ostatecznie ureguluje sporną należność, na odliczenie podatku może być już za późno.

Prawo do odliczenia VAT jest jednym z fundamentów zasady neutralności tego podatku. Nie jest jednak nieograniczone w czasie. Czy zatem trwające postępowanie sądowe może wydłużyć ustawowy termin odliczenia?

Na te pytania odpowiedział Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z 11 sierpnia 2026 r., sygn. 0114-KDIP1-1.4012.517.2026.1.AWY.

Usługa wykonana, a faktura niezapłacona

Podatnik prowadzący działalność w zakresie magazynowania towarów zlecił budowę hali magazynowej wraz z pomieszczeniami biurowymi. W 2021 r. wykonawca wystawił fakturę na kwotę ponad 656 tys. zł brutto.

Podatnik zakwestionował zasadność części należności wynikającej z faktury. W grudniu 2021 r. uregulował część należności, natomiast pozostała kwota stała się przedmiotem sporu. Wykonawca skierował sprawę do sądu, domagając się zapłaty.

W listopadzie 2025 r. sąd zasądził zapłatę spornej kwoty wraz z odsetkami i kosztami postępowania. Wyrok uprawomocnił się w lutym 2026 r., a podatnik uregulował należność.

W związku z tym podatnik wystąpił do Dyrektora KIS z pytaniem, czy może odliczyć VAT z faktury wystawionej w 2021 r., skoro spór sądowy zakończył się dopiero w 2026 r.

Argumenty podatnika

Podatnik uważał, że ma prawo do odliczenia VAT w 2026 r., ponieważ dopiero prawomocny wyrok sądu rozstrzygnął spór dotyczący należności wynikającej z faktury.

Podkreślał również, że nie powinien tracić prawa do odliczenia VAT wyłącznie z powodu długotrwałego postępowania sądowego, na którego przebieg i czas trwania nie miał wpływu. W jego ocenie takie ograniczenie byłoby nieproporcjonalne i sprzeczne z zasadą neutralności VAT wynikającą z prawa unijnego.

Zdaniem podatnika pięcioletni termin przewidziany w art. 86 ust. 13 ustawy o VAT nie powinien prowadzić do utraty prawa do odliczenia wyłącznie dlatego, że spór sądowy zakończył się po jego upływie.

Granice czasowe odliczenia VAT

Warto przypomnieć, że zgodnie z ustawą o VAT prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje co do zasady w okresie, w którym spełnione są łącznie następujące warunki:

powstał obowiązek podatkowy w odniesieniu do nabytych towarów lub usług;

zakup jest związany z wykonywaniem czynności opodatkowanych;

podatnik otrzymał fakturę dokumentującą transakcję.

Jeżeli podatnik nie skorzysta z prawa do odliczenia w tym okresie, może to zrobić w jednym z trzech kolejnych okresów rozliczeniowych (w przypadku rozliczeń miesięcznych) albo w jednym z dwóch kolejnych okresów (w przypadku rozliczeń kwartalnych).

Jeżeli również te terminy zostaną pominięte, podatnik może skorzystać z prawa do odliczenia poprzez korektę rozliczenia.

Art. 86 ust. 13 ustawy o VAT przewiduje jednak ograniczenie czasowe – korekty można dokonać nie później niż w ciągu pięciu lat, licząc od początku roku, w którym powstało prawo do odliczenia VAT.

KIS związany literalnym brzmieniem przepisów

Dyrektor KIS nie zgodził się ze stanowiskiem podatnika. Uznał, że skoro prawo do odliczenia VAT powstało w 2021 r., pięcioletni termin na jego realizację upłynął z końcem 2025 r. Tym samym podatnik nie może skorzystać z tego prawa w 2026 r., mimo że dopiero wówczas zakończył się spór sądowy.

Organ powołał się również na wyrok NSA z 1 września 2011 r., sygn. I FSK 1105/10. Sąd wskazał, że pięcioletni termin określony w art. 86 ust. 13 ustawy o VAT ma zastosowanie niezależnie od tego, czy podatnik nie skorzystał z prawa do odliczenia świadomie, czy przez pomyłkę.

Oznacza to, że sam fakt prowadzenia sporu sądowego z kontrahentem nie stanowi podstawy do wydłużenia ustawowego terminu odliczenia VAT.

Co to oznacza dla przedsiębiorców?

Interpretacja pokazuje, że wieloletni spór z kontrahentem może prowadzić do utraty możliwości odliczenia VAT, jeżeli podatnik uzależnia skorzystanie z tego prawa od zakończenia postępowania sądowego.

W przypadku faktur objętych sporem należy pamiętać nie tylko o terminach wynikających z art. 86 ustawy o VAT, ale również o ewentualnym obowiązku korekty podatku naliczonego (ulga na złe długi) jeżeli należność nie zostanie uregulowana w wymaganym terminie.