Stawka 0% VAT w transporcie importowym: czy brak wzmianki w dokumencie celnym przekreśla preferencję?

Pułapka formalizmu w branży TSL 

Stawka 0% VAT w międzynarodowym transporcie towarów to dla wielu przewoźników i spedytorów standard biznesowy – ale w oczach fiskusa to obszar szczególnie wnikliwej kontroli. O ile przy eksporcie kluczowy jest dowód wywozu, o tyle transport towarów importowanych (spoza UE do Polski lub innego kraju UE) od lat rodzi realne ryzyko podatkowe. 

Najczęstszy problem? Organy podatkowe konsekwentnie twierdzą, że bez dokumentu celnego potwierdzonego przez urząd celno-skarbowy (SAD/PZC), z którego wprost wynika wliczenie kosztu transportu do podstawy opodatkowania importu, trzeba zastosować stawkę 23%. Czy rzeczywiście brak takiej wzmianki zamyka drogę do preferencji? Najnowsze orzecznictwo mówi: niekoniecznie. 

Jak to wygląda w praktyce – świeża interpretacja KIS 

Dobrze pokazuje to interpretacja Dyrektora KIS z 24 września 2025 r. (0112-KDIL1-3.4012.520.2025.2.MR). Spółka jawna świadczyła transport towarów na trasach z państw trzecich do Polski i innych krajów UE. Dysponowała dokumentami CMR i T1, ale nie miała dokumentu celnego jednoznacznie potwierdzającego wliczenie wartości usługi do podstawy opodatkowania importu – bo fakturę za transport wystawiała już po odprawie celnej. 

Organ był nieugięty: skoro brakuje tego jednego dokumentu, cała usługa musi być opodatkowana stawką 23%, mimo że pozostałe warunki dokumentacyjne (art. 83 ust. 5 pkt 1 ustawy o VAT) były spełnione. Podobnie restrykcyjnie orzekł wcześniej WSA w Krakowie (wyrok z 14 marca 2023 r., sygn. I SA/Kr 1268/22), oddalając skargę podatnika w analogicznym sporze i uznając dokument celny za warunek bezwzględny. 

Przełom: wyrok NSA z 3 lipca 2026 r. (I FSK 1866/23) 

Sprawa I SA/Kr 1268/22 trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który 3 lipca 2026 r. wydał wyrok w tej samej sprawie – i choć formalnie oddalił skargę kasacyjną spółki, zrobił to z zupełnie innych powodów niż sąd pierwszej instancji. To właśnie w uzasadnieniu tkwi przełom (na razie znany z doniesień medialnych – pisemne uzasadnienie nie zostało jeszcze opublikowane): 

• Prymat prawa unijnego. Dyrektywa VAT nie pozwala uzależniać prawa do stawki 0% wyłącznie od posiadania jednego, ściśle sformalizowanego dokumentu wydanego przez polski urząd celny. 

• Otwarty katalog dowodowy. Decydujący jest fakt ekonomiczny – czy wartość usługi transportowej rzeczywiście została wliczona do podstawy opodatkowania importu. Można to wykazać także innymi wiarygodnymi dokumentami: korespondencją handlową, kalkulacjami celnymi, oświadczeniami importera lub agencji celnej, dokumentacją spedycyjną. 

Teza: stawkę 0% VAT dla transportu towarów importowanych można skutecznie wybronić nawet wtedy, gdy dokument celny nie zawiera bezpośredniej wzmianki czy numeru faktury transportowej – pod warunkiem posiadania innych wiarygodnych dowodów. 

Ważna lekcja z tej sprawy: skarga kasacyjna i tak została oddalona, bo we wniosku o interpretację spółka powołała się wyłącznie na list CMR, nie wskazując żadnej dodatkowej dokumentacji potwierdzającej wliczenie kosztu transportu do wartości celnej. Sąd był związany tak opisanym stanem faktycznym – organ nie domniemywa istnienia dokumentów, których podatnik sam nie przedstawił. 

3 kroki do bezpiecznego rozliczenia transportu importowego 

1. Zweryfikuj „bramkę VAT" (miejsce świadczenia). Upewnij się, że usługa w ogóle podlega polskiemu VAT (art. 28b ustawy o VAT), a nie stanowi eksportu usług rozliczanego poza Polską (NP/reverse charge). 
2. Buduj dokumentację alternatywną. Gdy na SAD/PZC brakuje wzmianki o transporcie, gromadź oświadczenia agencji celnej lub importera, zlecenia spedycyjne oraz dokumenty wiążące konkretny ładunek z fakturą i wartością celną. 
3. Zabezpiecz łańcuchy podwykonawców. Przy refakturowaniu i podwykonawstwie szczególnie dbaj o spójność i tożsamość parametrów usługi na każdym etapie. 

Warto też przejrzeć dotychczasowe rozliczenia: jeśli stawka 23% była stosowana wyłącznie z powodu braku samego dokumentu celnego, w świetle wyroku NSA część z nich może kwalifikować się do korekty. 

Masz wątpliwości co do stawki VAT w usługach transportowych, które świadczy lub nabywa Twoja firma? Zapraszam do kontaktu – wspólnie zrobimy #smartAudyt Twojej sytuację i sprawdzimy, czy dotychczasowe rozliczenia można bezpiecznie zoptymalizować lub skorygować. 

Chcesz wiedzieć więcej o VAT w branży TSL? Zapraszam na webinarium: VAT w branży TSL – Akademia LTCA