Ponad 4 lata oczekiwania na APA. Czy fiskus musi zapłacić odsetki?

Postępowanie w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego (APA) powinno zapewniać podatnikom większą pewność co do prawidłowości rozliczeń z podmiotami powiązanymi. Co jednak w sytuacji, gdy wydanie decyzji trwa ponad cztery lata, a podatnik przez ten czas nie może odzyskać nadpłaconego podatku? Czy wieloletnie oczekiwanie na APA uzasadnia wypłatę oprocentowania nadpłaty?

Zagadnieniem tym zajął się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 30 lipca 2026 r. (sygn. I SA/Po 710/26), dotyczącym oprocentowania nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych.

Ponad 51 miesięcy oczekiwania na APA

Sprawa dotyczyła spółki, która nabywała od podmiotu powiązanego usługi wsparcia sprzedaży i marketingu. Wydatki na te usługi podlegały ograniczeniom w zaliczaniu do kosztów uzyskania przychodów na podstawie obowiązującego wówczas art. 15e ustawy o CIT.

Przepisy przewidywały jednak możliwość wyłączenia określonych kosztów z limitowania w przypadku objęcia transakcji uprzednim porozumieniem cenowym.

Spółka złożyła wniosek o wydanie jednostronnego APA 30 września 2019 r. Decyzję otrzymała dopiero 29 grudnia 2023 r., a więc po upływie 51 miesięcy. Tymczasem zgodnie z art. 97 ust. 1 ustawy o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych postępowanie dotyczące jednostronnego APA powinno zostać zakończone bez zbędnej zwłoki, nie później niż w ciągu sześciu miesięcy.

Po uzyskaniu porozumienia spółka skorygowała zeznania CIT-8 za cztery lata podatkowe i wystąpiła o stwierdzenie oraz zwrot nadpłat w łącznej wysokości ponad 13 mln zł. Organ zwrócił nadpłacony podatek, jednak bez oprocentowania.

Fiskus odmówił wypłaty odsetek

Spółka argumentowała, że uzyskanie APA było niezbędne do rozliczenia kosztów bez zastosowania ograniczenia wynikającego z art. 15e ustawy o CIT. Przedłużające się postępowanie uniemożliwiało jej zatem wcześniejsze odzyskanie środków.

W ocenie podatnika oprocentowanie powinno przysługiwać za okres od powstania nadpłat do ich zwrotu. Spółka wskazywała również na konieczność odpowiedniego zastosowania przepisów Ordynacji podatkowej dotyczących oprocentowania nadpłat w przypadku przedłużających się postępowań.

Organy podatkowe nie podzieliły tej argumentacji.

Wskazały, że art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej określa przypadki, w których nadpłata podlega oprocentowaniu, a przedłużające się postępowanie APA nie zostało wprost wymienione w tym przepisie. Zdaniem organów brak było zatem podstaw do wypłaty odsetek wyłącznie z uwagi na czas oczekiwania na porozumienie.

WSA uchylił decyzje organów podatkowych

Spór trafił do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu, który uchylił zarówno decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, jak i poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji.

Istotą sporu była możliwość uwzględnienia szczególnej sytuacji podatnika, który przez wieloletnie postępowanie APA nie mógł skorzystać z przysługującego mu sposobu rozliczenia kosztów podatkowych.

W sprawie pojawiło się również zagadnienie zastosowania analogii do regulacji dotyczących oprocentowania nadpłat, z uwzględnieniem zasad konstytucyjnych, w tym ochrony praw majątkowych oraz zasady zaufania do organów podatkowych.

Rozstrzygnięcie WSA nie oznacza jednak, że każde przekroczenie terminu wydania APA automatycznie uprawnia podatnika do otrzymania odsetek. Znaczenie mają okoliczności konkretnej sprawy, w szczególności wpływ czasu trwania postępowania na możliwość odzyskania nadpłaconego podatku.

Komentarz eksperta

Wyrok WSA w Poznaniu zwraca uwagę na problem, który może mieć istotne znaczenie dla podatników korzystających z uprzednich porozumień cenowych. Choć APA ma zwiększać bezpieczeństwo podatkowe transakcji kontrolowanych, przedłużające się postępowanie może prowadzić do wymiernych konsekwencji finansowych.

W analizowanej sprawie spółka uzyskała decyzję APA po ponad czterech latach, mimo że ustawowy termin przewidziany dla jednostronnego porozumienia wynosi sześć miesięcy. W tym okresie nie mogła skorzystać z pełnego rozliczenia kosztów objętych ograniczeniem wynikającym z art. 15e ustawy o CIT.

Z perspektywy podatników istotne jest zatem nie tylko samo uzyskanie APA, ale również ocena skutków podatkowych związanych z czasem trwania postępowania. Jeżeli opóźnienie w wydaniu decyzji wpływa na możliwość odzyskania nadpłaconego podatku, warto przeanalizować podstawy do dochodzenia oprocentowania nadpłaty.

Omawiane orzeczenie może stanowić ważny argument w podobnych sporach, choć ostateczna ocena prawa do oprocentowania wymaga uwzględnienia indywidualnych okoliczności sprawy.