Fiskus przedłuża zwrot VAT. NSA stawia granice

Organy podatkowe mogą przedłużyć termin zwrotu VAT, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowej weryfikacji. Uprawnienie to nie ma jednak charakteru nieograniczonego. Czy wieloletnia kontrola rozliczeń oraz skomplikowane powiązania pomiędzy spółkami wystarczą, aby uzasadnić kolejne przedłużenie terminu zwrotu podatku?  

Do tego zagadnienia odniósł się Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 9 września 2026 r., sygn. I FSK 195/25, uchylając rozstrzygnięcia, które pozwalały organom na dalsze wstrzymywanie zwrotu VAT. 

Wieloletnia weryfikacja rozliczeń spółki 

Sprawa dotyczyła spółki, która w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2018 r. wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. 

Organ podatkowy rozpoczął czynności sprawdzające w ramach, których analizował m.in. faktury oraz dokumentację dotyczącą usług restrukturyzacyjnych i outsourcingowych nabywanych od innej spółki.  

W październiku 2019 r. wszczęto kontrolę celno-skarbową dotyczącą rozliczenia VAT za wrzesień 2018 r. Wynik kontroli został doręczony w grudniu 2022 r., a następnie wszczęto postępowanie podatkowe.  

W międzyczasie organy wielokrotnie przedłużały termin zwrotu podatku. Kolejne postanowienie przewidywało przedłużenie terminu aż do 29 marca 2024 r. 

Spółka zakwestionowała zasadność dalszego wstrzymywania zwrotu, wskazując na nieprawidłowości w działaniu organów podatkowych. 

Czy samo prowadzenie kontroli uzasadnia przedłużenie zwrotu? 

Zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć termin zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika.  

Przepis ten nie przyznaje jednak organom dowolności w zakresie przedłużania terminu zwrotu. 

Konieczność dodatkowej weryfikacji powinna wynikać z konkretnych okoliczności sprawy. Organ powinien wykazać, dlaczego zgromadzony materiał nie pozwala jeszcze na zakończenie weryfikacji oraz jakie kwestie wymagają dalszego wyjaśnienia. 

Samo prowadzenie kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego nie powinno automatycznie przesądzać o zasadności kolejnego przedłużenia terminu zwrotu. 

NSA zakwestionował stanowisko organów 

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach początkowo oddalił skargę spółki. 

Sąd pierwszej instancji zwrócił uwagę na rozbudowaną strukturę powiązań pomiędzy spółką a podmiotami należącymi do grupy kapitałowej oraz jej kontrahentami. Uznał, że okoliczności te miały znaczenie dla czasu trwania procedur weryfikacyjnych. 

Inaczej sprawę ocenił Naczelny Sąd Administracyjny. 

Wyrokiem z 9 września 2026 r. NSA uchylił w całości wyrok WSA w Gliwicach oraz postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach dotyczące przedłużenia terminu zwrotu VAT.  

Z rozstrzygnięcia wynika, że organy nie wykazały wystarczających, obiektywnych podstaw uzasadniających dalsze przedłużenie terminu zwrotu.  

Istotne znaczenie ma zatem nie tylko stopień skomplikowania transakcji czy czas trwania kontroli, ale przede wszystkim rzeczywista potrzeba dalszego prowadzenia czynności weryfikacyjnych. 

Komentarz eksperta 

Wyrok NSA stanowi istotne przypomnienie, że przedłużenie terminu zwrotu VAT jest instrumentem służącym weryfikacji zasadności rozliczeń, a nie sposobem na bezterminowe wstrzymywanie środków należnych podatnikowi. 

W praktyce postępowania dotyczące transakcji wewnątrzgrupowych mogą wymagać analizy rozbudowanej dokumentacji, w tym umów, faktur, zasad rozliczeń oraz rzeczywistego zakresu świadczonych usług. Nie oznacza to jednak, że sam fakt występowania powiązań kapitałowych automatycznie uzasadnia wieloletnie przedłużanie terminu zwrotu podatku. 

Z perspektywy podatników szczególnie istotne jest analizowanie uzasadnienia każdego kolejnego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT. 

Warto zweryfikować, czy organ wskazuje konkretne okoliczności wymagające dalszego wyjaśnienia, czy też ogranicza się do powtarzania wcześniejszych argumentów i ogólnego powoływania się na trwającą kontrolę. 

Wieloletni charakter postępowania nie zwalnia organu z obowiązku wykazania, dlaczego dalsze wstrzymywanie zwrotu pozostaje uzasadnione. 

Omawiane rozstrzygnięcie może stanowić argument dla podatników kwestionujących kolejne przedłużenia terminu zwrotu VAT, zwłaszcza gdy organy nie przedstawiają konkretnych powodów kontynuowania weryfikacji. 

Wyrok NSA z 9 września 2026 r., sygn. I FSK 195/25.