Koniec SSE a straty z działalności opodatkowanej – możliwe odliczenie

31 grudnia 2026 r. został wskazany przez Radę Ministrów w rozporządzeniach dotyczących specjalnych stref ekonomicznych, jako końcowa data funkcjonowania stref. Oznacza to, że 2026 r. jest ostatnim rokiem, w którym podatnicy są uprawnieni do korzystania ze wsparcia – o ile posiadane przez nich zezwolenie nie przewidywało wcześniejszej daty ważności. 

Jednocześnie, oznacza to, że na podstawie wydanego wcześniej zezwolenia na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej, podatnicy będą mogli skorzystać po raz ostatni ze wsparcia wraz ze złożeniem zeznania podatkowego za 2026 r. – a zatem co do zasady 31 marca 2026 r. (jak potwierdził Dyrektor KIS w interpretacji z 21 października 2025 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.530.2025.1.KW) 

Jak postąpić jednak ze stratami poniesionymi w trakcie korzystania ze wsparcia? 

Dwa rodzaje strat 

Dla podatników korzystających ze wsparcia w ramach SSE i PSI kluczowe jest rozróżnienie pomiędzy stratą poniesioną w ramach działalności strefowej od straty poniesionej w działalności opodatkowanej.  

Ugruntowanym poglądem jest, że strata poniesiona w działalności zwolnionej ma charakter ekonomiczny i niepodatkowy – zatem nie jest możliwe jej odliczenie od podstawy opodatkowania CIT (tak przykładowo w wyroku NSA z 30 listopada 2017 r., sygn. akt II FSK 180/16, czy interpretacji z 23 kwietnia 2025 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.170.2025.1.KW). 

Co istotne, ustawa o CIT nie przewiduje ograniczeń co do odliczania strat poniesionych w działalności opodatkowanej, tylko i wyłącznie na tej podstawie, że podatnik prowadzi również działalność opodatkowaną.  

Co więcej, Dyrektor KIS potwierdza podatkowy charakter straty ponoszonych jeszcze przed rozpoczęciem korzystania ze zwolnienia. Przykładowo Dyrektor KIS w 2 kwietnia 2024 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.7.2024.1.PC, zgodził się, że stratę powstałą po uzyskaniu decyzji o wsparciu (obecnego odpowiednika zezwolenia), ale przed rozpoczęciem korzystania ze wsparcia, można rozliczyć według zasad ogólnych z niezwolnionym dochodem z działalności opodatkowanej w kolejnych latach.  

Trwałość kwalifikacji dochodu 

Organy podatkowe konsekwentnie przyjmują, że kwalifikacja przychodów i kosztów z okresu zwolnienia nie zmienia się wstecznie.  

Zasada ta jest rozciągana przez Dyrektora KIS nawet na sytuacje, w których utrzymanie trwałości kwalifikacji dochodu nie jest uzasadniona systemowo. 

W interpretacji z 29 stycznia 2026 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.752.2025.1.DW, Dyrektor KIS wskazał, że wygaśnięcie decyzji przy jednoczesnym nieskorzystaniu ze wsparcia, nie przekształca z mocą wsteczną działalności strefowej w działalność opodatkowaną na zasadach ogólnych.  

Niemniej, sądy administracyjne przyjmują obecnie bardziej korzystne dla podatników stanowisko – zgodnie z którym, jeżeli podatnik nie skorzystał ze wsparcia, a decyzja o wsparciu został uchylona, to całość straty podatnika ma charakter podatkowy (por. wyrok WSA w Warszawie z 30 października 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 1479/25).  

W praktyce możliwość odliczenia dotyczy strat poniesionych w działalności opodatkowanej 

W trakcie funkcjonowania SSE strata z działalności opodatkowanej mogła obniżać wyłącznie dochód również z działalności opodatkowanej.  

Od 2027 r. cały dochód podatników korzystających ze wsparcia w ramach SSE będzie dochodem opodatkowanym. W konsekwencji, istotne dla podatników będą niewykorzystane straty z działalności opodatkowanej, poniesione w okresie funkcjonowania SSE.