Kontrola podatkowa a przedawnienie – czy wszczęcie kontroli zatrzymuje bieg terminu?

Zbliżający się termin przedawnienia zobowiązania podatkowego często wiąże się ze wzmożoną aktywnością organów. Czy wszczęcie kontroli podatkowej lub celno-skarbowej wystarczy, aby zatrzymać bieg przedawnienia? 

Nie. Samo wszczęcie kontroli nie powoduje zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. 

Kiedy zobowiązanie podatkowe się przedawnia? 

Zgodnie z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe co do zasady przedawnia się po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. 

Wszczęcie kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej nie zostało wskazane jako samodzielna przesłanka zawieszenia tego terminu. Oznacza to, że nawet jeżeli kontrola rozpocznie się krótko przed przedawnieniem, termin nadal biegnie.  

Inaczej może być m.in. w przypadku wszczęcia postępowania karnoskarbowego związanego z niewykonaniem danego zobowiązania podatkowego. Przy spełnieniu ustawowych warunków może ono prowadzić do zawieszenia biegu terminu przedawnienia. 

Wyrok WSA – sama kontrola nie wystarczy 

Na problem to zwrócił uwagę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 26 lutego 2026 r., sygn. I SA/Po 796/25.  

W sprawie organy przyjęły, że bieg terminu przedawnienia został zawieszony w dniu, w którym prokurator wystąpił o wszczęcie wobec podatnika kontroli celno-skarbowej. Zdaniem organów oznaczało to objęcie podatnika prowadzonym już postępowaniem karnoskarbowym. 

WSA zakwestionował takie stanowisko. W aktach sprawy brakowało dokumentu potwierdzającego wszczęcie lub rozszerzenie postępowania karnoskarbowego w sposób obejmujący konkretnego podatnika i jego zobowiązania. 

Sam wniosek prokuratora o wszczęcie kontroli celno-skarbowej nie był wystarczający do wykazania, że doszło do zawieszenia biegu przedawnienia. 

Sąd podkreślił, że skutek w postaci zawieszenia przedawnienia musi wynikać z dokumentów i nie może opierać się wyłącznie na interpretacji korespondencji pomiędzy organami. 

Co powinien sprawdzić podatnik? 

Jeżeli kontrola dotyczy starszych okresów rozliczeniowych, warto zweryfikować nie tylko podstawowy pięcioletni termin przedawnienia, ale również wszystkie zdarzenia, które – zdaniem organu – miały spowodować jego zawieszenie lub przerwanie. 

W przypadku postępowania karnoskarbowego kluczowe jest ustalenie, od kiedy rzeczywiście istniał związek pomiędzy podejrzeniem popełnienia czynu zabronionego a niewykonaniem konkretnego zobowiązania przez konkretnego podatnika. 

Komentarz eksperta 

Wyrok WSA w Poznaniu pokazuje, że samo podjęcie czynności kontrolnych wobec podatnika nie wystarczy do „zatrzymania” przedawnienia. 

Jeżeli organ twierdzi, że termin przedawnienia został zawieszony w związku z postępowaniem karnoskarbowym, powinien być w stanie wykazać zarówno moment powstania takiego skutku, jak i bezpośredni związek tego postępowania z konkretnym podatnikiem oraz jego zobowiązaniem podatkowym.  

W przypadku kontroli obejmujących starsze okresy rozliczeniowe analiza przedawnienia powinna być zatem jednym z pierwszych elementów weryfikowanych przez podatnika.