Oprocentowania nadpłaty w PIT powstałej na skutek zastosowania się do interpretacji, która została prawomocnie uchylona

Skarżący zastosował się do wydanej na jego wniosek interpretacji indywidualnej w przedmiocie opodatkowania odpłatnego zbycia nieruchomości na gruncie podatku dochodowego od osób fizycznych.  

Oznacza to zatem, że podatnik uiścił za 2021 r. podatek dochodowy od osób fizycznych, przy czym poniósł ekonomiczny ciężar, nienależnego podatku, bowiem bez podstawy prawnej utracił możliwość dysponowania posiadanymi środkami pieniężnymi. 

Organy podatkowe obu instancji przyjęły w analizowanej sprawie, że art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty, natomiast wyrok sądu administracyjnego uchylający interpretację indywidualną nie jest podstawą do naliczania oprocentowania, gdyż nie dotyczy decyzji o zmianie, uchyleniu lub stwierdzeniu nieważności decyzji wymienionej w art. 77 § 1 pkt 1 lit. a-d Ordynacji podatkowej.  

Z takim stanowiskiem nie zgodził się Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 3 czerwca 2026 r., sygn. II FSK 162/26. 

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, zasada wynikająca z art. 78 § 3 Ordynacji podatkowej powinna znaleźć zastosowanie również do nadpłaty powstałej w efekcie czynności mających swoje źródło w zastosowaniu się do interpretacji indywidualnej, następnie uchylonej jako wadliwej, a nie tylko co do wykonania decyzji obarczonej danym przymiotem. Organ odmawiając prawa do oprocentowania nadpłaty przyznaje sobie prawo do błędu, który nie jest obarczony konsekwencjami. 

Naczelny Sąd Administracyjny przytoczył ponadto art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej wskazując jednoznacznie, że zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą, stwierdzeniem jej wygaśnięcia lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy. 

W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego „Nie ma podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, w zależności od tego w oparciu o jaki wadliwie podjęty przez organ akt dokonali nienależnej wpłaty podatku (interpretacja indywidualna czy decyzja). Brak zatem wskazania w art. 78 § 3 pkt 1 O.p., że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w przypadku uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której wnioskodawca się zastosował uiszczając zgodnie z zawartą w niej oceną prawną w istocie nienależny podatek, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach.” 

W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że w sytuacji, gdy Skarżący dokonał zapłaty podatku w oparciu o treść wydanej wobec niego interpretacji indywidualnej, a akt ten został następnie uchylony ze względu na wadliwość prawną, Skarżącemu przysługuje prawo do oprocentowania nadpłaty od dnia jej uiszczenia. 

Wskazać przy tym warto, że podobne zagadnienie prawne rozpoznawane było już w orzeczeniach Naczelnego Sądu Administracyjnego, w tym m.in. w wyrokach: z 13 grudnia 2017 r. sygn. akt I FSK 128/16; z 1 czerwca 2022 r. sygn. akt II FSK 2683/19; z 5 marca 2024 r. sygn. akt II FSK 1473/23; z 5 czerwca 2024 r. sygn. akt II FSK 1135/21; z 7 marca 2025 r. sygn. akt II FSK 47/25. 

Wskazane orzecznictwo wpisuje się zatem w korzystną dla podatników linię orzeczniczą. Otwiera to dla podatników, którzy zastosowali się do interpretacji, która w wyniku ich skargi została uchylona, drogę do odzyskania nie tylko samej kwoty zapłaconego zobowiązania podatkowego, ale również oprocentowania. Jak wskazują sądy, oprocentowanie to należne jest należne od dnia uiszczenia zobowiązania podatkowego.  

Podkreślić przy tym należy, że wskazane orzecznictwo nie ogranicza się wyłącznie do nadpłat powstałych w odniesieniu do zastosowania się do interpretacji dotyczących podatku dochodowego od osób prawnych, ale dotyczyć może również zobowiązań podatkowych na gruncie innych podatków.