Oprocentowanie nadpłaty po uchyleniu błędnej interpretacji indywidualnej

W wyroku z 3 czerwca 2026 r., sygnatura akt II FSK 162/26, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że podatnik, który zapłacił nienależny podatek wskutek zastosowania się do błędnej interpretacji indywidualnej, ma prawo nie tylko do zwrotu nadpłaty, lecz także do jej oprocentowania liczonego od dnia powstania nadpłaty. 

Rozstrzygnięcie ma znaczenie dla podatników, którzy zastosowali się do niekorzystnej interpretacji indywidualnej, a następnie skutecznie zakwestionowali ją przed sądem administracyjnym. 

Podatnik zapłacił podatek zgodnie z interpretacją indywidualną 

Sprawa rozpoznawana przez Naczelny Sąd Administracyjny dotyczyła opodatkowania sprzedaży działek należących do majątku prywatnego podatnika. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał w wydanej interpretacji indywidualnej, że czynności podejmowane przez podatnika należy zakwalifikować jako działalność gospodarczą. 

Podatnik zastosował się do otrzymanej interpretacji i zapłacił podatek zgodnie ze stanowiskiem organu. Jednocześnie zaskarżył interpretację do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Ostatecznie sądy administracyjne potwierdziły, że stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej było nieprawidłowe, a sprzedaż nieruchomości mieściła się w ramach zarządu majątkiem prywatnym. 

W konsekwencji okazało się, że zapłacony podatek był nienależny, co uzasadniało stwierdzenie i zwrot nadpłaty. 

Spór dotyczył oprocentowania nadpłaty 

Organ podatkowy zwrócił podatnikowi nadpłacony podatek, odmówił jednak naliczenia oprocentowania od dnia powstania nadpłaty. 

Organ wskazywał, że art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej odnosi się do nadpłat powstałych w związku ze zmianą lub uchyleniem decyzji podatkowej. Przepis ten nie wymienia natomiast wprost przypadku, w którym podatek został zapłacony wskutek zastosowania się do interpretacji indywidualnej, następnie uchylonej przez sąd administracyjny.  

Przyjęcie stanowiska prezentowanego przez organ oznaczałoby, że podatnik odzyska wprawdzie nienależnie zapłacony podatek, ale nie otrzyma rekompensaty za okres, w którym jego środki pozostawały w dyspozycji Skarbu Państwa.  

Brak regulacji stanowi lukę prawną 

Naczelny Sąd Administracyjny nie zgodził się ze stanowiskiem organu. Uznał, że brak wyraźnej regulacji przyznającej podatnikowi oprocentowanie w takiej sytuacji stanowi niezgodną z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej lukę prawną. 

Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego lukę tę należy uzupełnić w drodze analogii, odpowiednio stosując regulacje dotyczące oprocentowania nadpłaty powstałej wskutek zmiany lub uchylenia decyzji podatkowej. 

Sąd odwołał się również do zasady nieszkodzenia wynikającej z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tym przepisem zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą, wygaśnięciem lub uchyleniem nie może szkodzić wnioskodawcy.  

Ochrona wynikająca z interpretacji indywidualnej nie może być rozumiana wyłącznie jako zabezpieczenie podatnika przed obowiązkiem zapłaty odsetek za zwłokę lub poniesieniem odpowiedzialności karnej skarbowej. Powinna obejmować także finansowe skutki zapłaty podatku, który – jak następnie stwierdzono – nie był należny. 

Oprocentowanie od dnia powstania nadpłaty 

Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że podatnikowi przysługuje oprocentowanie od dnia powstania nadpłaty, a więc co do zasady od dnia zapłaty nienależnego podatku. 

Oprocentowanie nie powinno być zatem naliczane dopiero od dnia uchylenia interpretacji, wydania nowej interpretacji albo złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. 

Takie stanowisko uwzględnia ekonomiczny wymiar sprawy. Przez cały okres od zapłaty podatku do jego zwrotu Skarb Państwa dysponował środkami, których podatnik został pozbawiony wskutek zastosowania się do błędnego stanowiska organu.  

Brak oprocentowania prowadziłby do przerzucenia na podatnika finansowych konsekwencji wadliwego działania administracji podatkowej. Byłoby to trudne do pogodzenia zarówno z zasadą nieszkodzenia, jak i z konstytucyjną zasadą zaufania obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa. 

Znaczenie wyroku dla podatników 

Stanowisko przedstawione przez Naczelny Sąd Administracyjny może mieć znaczenie przede wszystkim dla podatników, którzy: 

• otrzymali niekorzystną interpretację indywidualną; 

• zastosowali się do stanowiska organu i zapłacili podatek; 

• zaskarżyli interpretację do sądu administracyjnego; 

• doprowadzili do jej prawomocnego uchylenia; 

• otrzymali zwrot nadpłaty bez oprocentowania albo z oprocentowaniem naliczonym od późniejszej daty. 

W takich przypadkach warto zweryfikować nie tylko prawidłowość zwróconej kwoty podatku, lecz także okres, za który organ naliczył oprocentowanie nadpłaty.  

Wyrok może stanowić istotny argument w postępowaniach dotyczących oprocentowania nadpłat. Każda sprawa wymaga jednak odrębnej analizy, w szczególności pod kątem związku pomiędzy zapłatą podatku a zastosowaniem się do interpretacji indywidualnej oraz właściwego momentu powstania nadpłaty.  

Interpretacja indywidualna powinna zapewniać rzeczywistą ochronę 

Istotą oprocentowania nadpłaty jest zrekompensowanie podatnikowi okresu, w którym nie mógł korzystać ze swoich środków. Jeżeli do zapłaty nienależnego podatku doszło wskutek zastosowania się do wadliwej interpretacji indywidualnej, odmowa naliczenia oprocentowania oznaczałaby, że Skarb Państwa mógłby nieodpłatnie korzystać ze środków podatnika. 

Stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego potwierdza, że ochrona wynikająca z interpretacji indywidualnej powinna mieć rzeczywisty wymiar finansowy. Podatnik nie powinien ponosić negatywnych konsekwencji tego, że zaufał oficjalnemu stanowisku organu podatkowego. 

Komentarz eksperta 

Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego należy ocenić pozytywnie. Podatnik, który postępuje zgodnie z otrzymaną interpretacją indywidualną, nie powinien ponosić finansowych konsekwencji tego, że stanowisko organu okazało się niezgodne z prawem. 

Samo zwrócenie nienależnie zapłaconego podatku nie usuwa wszystkich negatywnych skutków powstałych po stronie podatnika. Przez cały czas trwania sporu podatnik nie może korzystać z własnych środków, podczas gdy pozostają one w dyspozycji Skarbu Państwa. Oprocentowanie nadpłaty pełni w takiej sytuacji funkcję rekompensacyjną i powinno obejmować okres liczony od dnia jej powstania.  

Rozstrzygnięcie ma również znaczenie dla rozumienia zasady, zgodnie z którą zastosowanie się do interpretacji indywidualnej nie może szkodzić podatnikowi. Ochrona ta nie powinna ograniczać się wyłącznie do zwolnienia z odsetek za zwłokę lub odpowiedzialności karnej skarbowej. Powinna obejmować także prawo do odzyskania korzyści utraconych wskutek zapłaty podatku na podstawie błędnego stanowiska organu. 

Podatnicy, którzy odzyskali podatek po uchyleniu interpretacji indywidualnej, powinni zatem sprawdzić, czy organ prawidłowo rozliczył oprocentowanie nadpłaty. Jeżeli nie zostało ono wypłacone albo zostało naliczone od niewłaściwej daty, zasadne może być zakwestionowanie stanowiska organu z powołaniem się na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 3 czerwca 2026 r., sygnatura akt II FSK 162/26.