Pułapka 5-letniego terminu: Czy spór o fakturę może pozbawić Cię VAT-u? Ważna sprawa przed NSA
- Wysłane przez Autor: Daniel Więckowski
- Kategorie VAT
- Data 23 marzec 2026
Dylemat stary jak świat (podatkowy): dostajesz fakturę, z którą fundamentalnie się nie zgadzasz. Kwoty z kosmosu, inwentaryzacji brak, a wykonawca pędzi do sądu. Co robisz? Czekasz na wyrok, żeby nie odliczać kwot niezgodnych z rzeczywistością? Uważaj – według organów podatkowych i sądów pierwszej instancji, Twoja uczciwość i staranność mogą zostać ukarane utratą prawa do odliczenia VAT. Już 31 marca Naczelny Sąd Administracyjny rozstrzygnie, czy polskie przepisy o terminach przedawnienia nie krztuszą się unijną zasadą neutralności.
Budowlany thriller z VAT-em w tle
Wyobraźmy sobie sytuację, w której znalazł się polski podatnik z branży budowlanej. Pod koniec 2016 roku kontrahent wystawia mu fakturę na potężną kwotę (ponad 16 mln zł brutto) za dostawę systemów przemysłowych. Problem w tym, że zdaniem nabywcy faktura była przedwczesna – wystawiona przed inwentaryzacją prac, która bezpośrednio wpływała na należne wynagrodzenie.
Podatnik, działając z niemal podręcznikową należytą starannością, dwukrotnie odsyła fakturę bez księgowania. Logika podpowiada: skoro kwestionuję usługę i jej wartość, nie odliczam VAT-u, bo przecież przepisy zabraniają odliczeń z faktur, które podają kwoty niezgodne z rzeczywistością.
Sprawa trafiła do sądu cywilnego. Młyny sprawiedliwości mielą powoli, ale po kilku latach zapadł wyrok nakazujący zapłatę. Nabywca uznał fakturę za zasadną i w 2022 roku chciał w końcu odliczyć podatek naliczony. I tu wchodzi on: Fiskus, z argumentem o upływie 5-letniego terminu zawitego.
5 lat minęło jak jeden dzień (i ani sekundy dłużej)
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w wydanej interpretacji stwierdził krótko: termin na dokonanie odliczenia upłynął. Fiskusa nie obchodzi, że przez ten czas trwał spór w sądzie. Organ stoi na stanowisku, że sprawa sądowa i późniejsze uznanie faktury nie przerywają ani nie zawieszają biegu 5-letniego terminu na odliczenie, liczonego od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia podatku należnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę na tę interpretację. Sąd uznał, że spór co do wartości dostawy nie był przeszkodą obiektywną, która uniemożliwiałaby skorzystanie z prawa do odliczenia w 2016 roku. Według sądu, decyzja o oczekiwaniu na wyrok stanowiła "autonomiczną decyzję gospodarczą" podatnika, która teraz go obciąża.
Dlaczego argumentacja podatnika to głos rozsądku w podatkowym obłędzie?
Podatnik w skardze kasacyjnej do NSA uderza w najczulsze struny prawa unijnego. I ma w tym mnóstwo racji. Oto dlaczego podejście organów to prosta droga do naruszenia fundamentów systemu VAT:
- Zasada neutralności to fundament: VAT ma być całkowicie neutralny dla przedsiębiorcy. Jeśli podatnik faktycznie zapłacił podatek po wyroku sądu, a odmawia mu się prawa do odliczenia, to podatek ten staje się dla niego realnym kosztem (brutalnie mówiąc – podatkiem obrotowym).
- Należyta staranność vs. ryzyko: Organy podatkowe od lat wymagają od nas staranności. Podatnik zachował się wzorowo: uznał, że faktura jest nierzetelna, więc jej nie zaksięgował. Gdyby odliczył VAT wcześniej, ryzykowałby zarzut świadomego przyjmowania faktur dokumentujących czynności niedokonane lub podające kwoty niezgodne z prawdą.
- Prawo do odliczenia nie może być iluzoryczne: Zgodnie z orzecznictwem TSUE (np. w sprawie Volkswagen AG czy Biosafe), termin zawity nie może w praktyce uniemożliwiać wykonania prawa do odliczenia starannemu podatnikowi. Jeśli potwierdzenie rzetelności faktury następuje po latach w wyroku sądu, to termin na odliczenie powinien uwzględniać ten czas. W przeciwnym razie prawo do odliczenia zależy od tempa pracy sądów powszechnych, na co przedsiębiorca nie ma wpływu.
Procedura: Co robić, gdy otrzymasz sporną fakturę?
Jako profesjonaliści nie możemy tylko czekać na wyrok NSA. Jeśli Twój klient otrzymał fakturę zakupową, z którą się nie zgadza, a sprawa prawdopodobnie trafi do sądu, rozważ następujące kroki:
- Analiza rzetelności faktury: Oceń, czy błędy na fakturze uniemożliwiają jej weryfikację (np. brak inwentaryzacji prac wpływający na wynagrodzenie).
- Odliczenie "zapobiegawcze": Jeśli spór dotyczy tylko części kwoty, odlicz VAT w części bezspornej. W przypadku sporu o całość, pamiętaj o ryzyku upływu 5-letniego terminu, który fiskus liczy od początku roku powstania prawa do odliczenia.
- Monitorowanie terminów: Sprawa sądowa w Polsce rzadko kończy się w rok. Jeśli zbliża się koniec 5-letniego okresu od wystawienia faktury, a spór trwa, sytuacja staje się krytyczna.
- Wniosek o interpretację: Warto wystąpić o własną interpretację, podnosząc argumenty o braku realnej możliwości wykonania prawa do odliczenia przed rozstrzygnięciem sporu.
- Czynny żal i korekta: Czasem bezpieczniej jest odliczyć podatek i narazić się na konieczność korekty po ewentualnej przegranej w sądzie cywilnym, niż stracić prawo do odliczenia bezpowrotnie z powodu przedawnienia.
Czekając na rozstrzygnięcie...
Rozprawa przed NSA będzie kluczowa dla wielu podatników. Czy sąd stanie po stronie sztywnej litery krajowego prawa, czy wybierze ducha unijnej neutralności? Trzymamy rękę na pulsie, ponieważ wynik tego sporu pokaże, czy w Polsce "należyta staranność" faktycznie popłaca, czy jest tylko pretekstem do wycinania odliczeń.
Masz podobny problem? Otrzymałeś fakturę, z którą się nie zgadzasz, a obawiasz się konsekwencji podatkowych i upływu terminów? Skontaktuj się ze mną – wspólnie przeanalizujemy Twoją sytuację prawną i poszukamy bezpiecznego wyjścia z podatkowej matni.

