Sprzedaż nieruchomości a bolesna korekta VAT. Skarbówka bezlitosna dla nakładów, ale zaskakuje przy wyposażeniu

Planujesz sprzedaż biurowca lub lokalu komercyjnego i zakładasz, że skoro spółka nie amortyzuje nieruchomości w CIT, uniknie 10-letniej korekty odliczonego podatku VAT od nakładów? Uważaj – Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w najnowszej interpretacji rozwiewa te nadzieje. Jednocześnie fiskus zwraca uwagę na kluczowy detal dotyczący wyposażenia budynku, który może całkowicie zmienić rozliczenie transakcji.

Poniżej omawiamy interpretację indywidualną Dyrektora KIS z 25 sierpnia 2026 r. (sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.514.2026.1.SM). To lektura obowiązkowa dla każdego właściciela nieruchomości komercyjnej, członka zarządu oraz głównej księgowej w sektorze MŚP.

Stan faktyczny: Spółka nieruchomościowa i planowana transakcja

Wnioskodawca to spółka z o.o. będąca czynnym podatnikiem VAT oraz spełniająca kryteria tzw. spółki nieruchomościowej na gruncie CIT. Spółka posiada budynek biurowy wykorzystywany wyłącznie do odpłatnego, opodatkowanego podatkiem VAT wynajmu powierzchni komercyjnych.

W księgach rachunkowych budynek ten widnieje jako inwestycja długoterminowa wyceniana według wartości godziwej. Zgodnie z polityką rachunkowości oraz art. 15 ust. 6 ustawy o CIT spółka nie dokonuje podatkowych odpisów amortyzacyjnych od budynku ani od nakładów modernizacyjnych zwiększających jego wartość bilansową.

Spółka zaplanowała sprzedaż nieruchomości, która ma korzystać ze zwolnienia z podatku VAT (na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT – bez rezygnacji ze zwolnienia). Ponieważ przez lata odliczała VAT od wszelkich wydatków na obiekt, stanęła przed problemem: jak rozliczyć korektę podatku naliczonego zgodnie z art. 91 ustawy o VAT?

Spółka podzieliła wydatki na cztery grupy:

Kategoria 1: Nakłady modernizacyjne/ulepszeniowe (powyżej 15 tys. zł), które zwiększały wartość bilansową nieruchomości, lecz nie były amortyzowane w CIT.

Kategoria 2: Wydatki na bieżące remonty i konserwacje.

Kategoria 3: Odrębne wyposażenie i urządzenia o wartości pow. 15 tys. zł (odrębne środki trwałe, demontowalne).

Kategoria 4: Wyposażenie niskocenne (do 15 tys. zł) lub niebędące środkami trwałymi.

Spółka argumentowała, że skoro nakłady modernizacyjne (Kategoria 1) nie są amortyzowane w CIT, to nie podlegają 10-letniemu okresowi korekty właściwemu dla nieruchomości, a jedynie krótkiemu, 12-miesięcznemu reżimowi korekty (art. 91 ust. 7b–7c ustawy o VAT).

Dyrektor KIS uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe w odniesieniu do wszystkich pytań. Dlaczego?

Lekcja 1: Brak amortyzacji w CIT nie zwalnia z 10-letniej korekty VAT

To najważniejszy wniosek z interpretacji. Podatnicy często próbują dosłownego odczytania art. 91 ust. 2 ustawy o VAT, który mówi o towarach i usługach, które „na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych (...) podlegających amortyzacji”.

Fiskus podkreślił, że:

Przepisy o korekcie wieloletniej obejmują wszystkie nieruchomości, niezależnie od tego, czy spółka faktycznie dokonuje od nich odpisów w CIT.

Fakt, że spółka nieruchomościowa nie rozpoznaje odpisów amortyzacyjnych w kosztach podatkowych na podstawie art. 15 ust. 6 ustawy o CIT (lub wycenia nieruchomość w wartości godziwej), jest regulacją czysto dochodowo-bilansową i nie ma wpływu na system podatku VAT.

Nakłady modernizacyjne (ulepszenia w rozumieniu CIT) przekraczające 15 000 zł są na gruncie VAT traktowane jak nabycie odrębnego środka trwałego podlegającego 10-letniej korekcie.

Organ powołał się m.in. na precedensowy wyrok TSUE z 12 września 2024 r. w sprawie C-243/23 (L BV), w którym Trybunał wskazał, że okres korekty istotnych robót budowlanych i ulepszeń musi odpowiadać okresowi korekty właściwemu dla nieruchomości.

Skutek: Jeżeli spółka sprzeda budynek ze zwolnieniem z VAT, w deklaracji za miesiąc sprzedaży będzie musiała dokonać jednorazowej korekty odliczonego VAT od nakładów modernizacyjnych za wszystkie lata pozostałe do końca 10-letniego okresu korekty. Może to oznaczać konieczność oddania do urzędu setek tysięcy, a nawet milionów złotych.

Lekcja 2: Remonty a pułapka formalna (korekta jednorazowa)

W przypadku wydatków remontowych (Kategoria 2) organ zgodził się, że podlegają one regule 12 miesięcy z art. 91 ust. 7b–7c ustawy o VAT. Oznacza to, że:

Jeśli od końca okresu rozliczeniowego, w którym wydano efekty remontu do użytku, upłynęło 12 miesięcy – korekty w ogóle się nie dokonuje.

Jeśli jednak sprzedaż zwolniona nastąpi przed upływem 12 miesięcy, korekta jest konieczna.

Dlaczego więc organ uznał stanowisko wnioskodawcy za nieprawidłowe? Ponieważ podatnik we wniosku nie doprecyzował, że przy sprzedaży w trakcie 12-miesięcznego okresu korekty należy jej dokonać jednorazowo w deklaracji za okres, w którym doszło do zbycia. To przestroga: w relacjach z KIS precyzja formalna musi być absolutna.

Lekcja 3: Niespodzianka przy wyposażeniu – brak korekty, ale… podatek należny!

Najciekawszy i najbardziej pouczający fragment interpretacji dotyczy ruchomości i wyposażenia budynku (Kategorie 3 i 4). Spółka chciała korygować odliczony VAT (w reżimie 5 lat dla ŚT powyżej 15 tys. zł lub 12 miesięcy dla pozostałych).

Fiskus sięgnął do Kodeksu cywilnego (art. 47 i 51 k.c.) i rozróżnienia na części składowe oraz przynależności / samodzielne rzeczy ruchome:

Części składowe (trwale połączone z budynkiem więzią fizyczną i funkcjonalną) dzielą los prawny nieruchomości – ich sprzedaż korzysta ze zwolnienia z VAT razem z budynkiem.
Wyposażenie i odrębne urządzenia, które można zdemontować bez uszkodzenia konstrukcji budynku, nie są częściami składowymi. Stanowią samodzielne towary.

Konkluzja organu: Zwolnienie z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT obejmuje wyłącznie budynek i jego części składowe. Sprzedaż wyposażenia i ruchomości nie korzysta z tego zwolnienia – musi zostać opodatkowana podstawową stawką VAT.

A skoro sprzedaż wyposażenia będzie czynnością opodatkowaną VAT, to nie dochodzi do żadnej zmiany przeznaczenia (składniki te służyły najmowi opodatkowanemu i zostają zbyte w transakcji opodatkowanej). W efekcie:

Spółka NIE ma obowiązku korygowania odliczonego wcześniej podatku VAT od wyposażenia (ani w okresie 5 lat, ani 12 miesięcy).

Spółka musi natomiast pamiętać o naliczeniu i odprowadzeniu podatku VAT należnego od sprzedaży tych ruchomości!

Praktyczne rekomendacje dla zarządów i dyrektorów finansowych

Omówiona interpretacja niesie za sobą trzy kluczowe wskazówki dla firm planujących transakcje na rynku nieruchomości:

1. Przeanalizuj opłacalność rezygnacji ze zwolnienia z VAT:

Jeśli w ciągu ostatnich 10 lat ponoszono wysokie nakłady modernizacyjne, „darmowe” zwolnienie z VAT może okazać się niezwykle kosztowne ze względu na obowiązek jednorazowej korekty wieloletniej. Często znacznie bardziej opłaca się złożyć z kupującym zgodne oświadczenie o wyborze opodatkowania dostawy VAT (na podstawie art. 43 ust. 10 i 11 ustawy o VAT).

2. Wydziel wyposażenie w umowie sprzedaży (Asset Deal):

Brak precyzyjnego podziału ceny w akcie notarialnym na nieruchomość oraz wyposażenie i ruchomości to bezpośrednie ryzyko sporu z urzędem skarbowym. Organ może zakwestionować zastosowanie zwolnienia z VAT do wyposażenia lub zarzucić zaniżenie podatku należnego.

3. Prowadź ścisłą ewidencję nakładów:

Granica między ulepszeniem (korekta 10 lat) a remontem bieżącym (korekta max. 12 miesięcy) bywa płynna. Właściwe opisywanie faktur i protokołów odbioru prac decyduje o tym, czy fiskus zażąda zwrotu podatku za dekadę wstecz.

Bezpieczeństwo podatkowe Twojej firmy