Zarejestrowałeś się do VAT przez pomyłkę? Zdaniem KIS rezygnacja ze zwolnienia może być skuteczna

Pomyłka w obliczeniu limitu sprzedaży nie musi pozostać wyłącznie błędem technicznym. W interpretacji indywidualnej z 4 września 2026 r. (sygn. 0112-KDIL3.4012.463.2026.2.AK) Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej stwierdził, że podatnik skutecznie zrezygnował ze zwolnienia podmiotowego z VAT, mimo że w formularzu VAT-R wskazał utratę zwolnienia wskutek przekroczenia limitu, a nie dobrowolną rezygnację. Dla organu decydujące znaczenie miało jednak późniejsze zachowanie przedsiębiorcy.

Omyłkowo obliczony limit i dwa dni ze statusem podatnika VAT czynnego

Sprawa dotyczyła przedsiębiorcy, który rozpoczął jednoosobową działalność gospodarczą w 2025 r. i korzystał ze zwolnienia podmiotowego z VAT. Świadczył usługi ogólnobudowlane oraz sporządzał świadectwa energetyczne. Nie wykonywał czynności wyłączonych ze zwolnienia na podstawie art. 113 ust. 13 ustawy o VAT.

W grudniu 2025 r. przedsiębiorca uznał, że przekroczył limit sprzedaży uprawniający do korzystania ze zwolnienia. Złożył więc VAT-R i zaznaczył pozycję dotyczącą utraty zwolnienia wskutek przekroczenia limitu. Nie zaznaczył natomiast pozycji odnoszącej się do dobrowolnej rezygnacji ze zwolnienia.

Po rejestracji jako podatnik VAT czynny przedsiębiorca wystawił fakturę z wykazanym podatkiem, złożył JPK i wpłacił VAT do urzędu skarbowego. Status podatnika VAT czynnego posiadał jedynie przez dwa dni. Następnie, w związku z podwyższeniem od 1 stycznia 2026 r. limitu zwolnienia do 240 000 zł, zgłosił powrót do zwolnienia.

Dopiero po ponownym przeanalizowaniu rozliczeń okazało się, że limit obowiązujący w 2025 r. w ogóle nie został przekroczony. Podatnik twierdził zatem, że nie utracił zwolnienia z mocy prawa, a jego błędne zgłoszenie nie może zostać uznane za dobrowolną rezygnację.

Utrata zwolnienia a rezygnacja ze zwolnienia to dwie różne sytuacje

Argumentacja podatnika opierała się na rozróżnieniu dwóch zdarzeń uregulowanych w art. 113 ustawy o VAT. Zgodnie z jego treścią:

utrata zwolnienia następuje z mocy prawa, gdy wartość sprzedaży przekroczy ustawowy limit. Zwolnienie traci moc począwszy od czynności, którą limit został przekroczony;

rezygnacja ze zwolnienia jest dobrowolna i wymaga zawiadomienia naczelnika urzędu skarbowego o zamiarze rezygnacji przed początkiem miesiąca, w którym podatnik chce rozpocząć opodatkowanie sprzedaży.

Zdaniem wnioskodawcy zaznaczenie w VAT-R pola informującego o utracie zwolnienia miało wyłącznie charakter informacyjny. Skoro limit nie został faktycznie przekroczony, nie wystąpiło zdarzenie powodujące utratę zwolnienia. Jednocześnie podatnik nie złożył oświadczenia o zamiarze rezygnacji, ponieważ wybrał w formularzu inną podstawę rejestracji.

KIS: liczy się nie tylko treść VAT-R, ale także późniejsze działania

Dyrektor KIS nie zgodził się ze stanowiskiem podatnika. Organ podkreślił, że przedsiębiorca złożył zgłoszenie rejestracyjne, został zarejestrowany jako podatnik VAT czynny, a następnie zachowywał się jak czynny podatnik VAT. W szczególności:

wystawił fakturę z wykazanym podatkiem VAT,

złożył plik JPK,

wpłacił wykazany podatek do urzędu skarbowego.

Na tej podstawie KIS uznała, że podatnik nie mógł w tym okresie korzystać ze zwolnienia z art. 113 ust. 1 ustawy o VAT, a dokonana przez niego rezygnacja ze zwolnienia była skuteczna. Według organu omyłka przy obliczaniu obrotu nie zmienia oceny, skoro po rejestracji podatnik faktycznie wykonywał obowiązki właściwe dla podatnika VAT czynnego.

Dlaczego interpretacja może budzić wątpliwości?

Formularz VAT-R wyraźnie rozróżnia utratę zwolnienia od dobrowolnej rezygnacji. Podatnik wskazał pierwszą z tych okoliczności. Jeżeli utrata zwolnienia nie nastąpiła, ponieważ limit nie został przekroczony, można argumentować, że samo zgłoszenie zdarzenia, które w rzeczywistości nie wystąpiło, nie powinno automatycznie kreować innego zdarzenia prawnego.

Dodatkowo art. 113 ust. 4 ustawy o VAT wymaga zawiadomienia o zamiarze rezygnacji ze zwolnienia. Tymczasem z opisanego stanu faktycznego wynikało, że intencją przedsiębiorcy nie była dobrowolna rezygnacja, lecz wykonanie – w jego przekonaniu – obowiązku wynikającego z przekroczenia limitu.

Organ wyprowadził skutek w postaci rezygnacji przede wszystkim z późniejszych czynności podatnika. Wystawienie faktury z VAT, złożenie JPK i zapłata podatku niewątpliwie potwierdzają, że przedsiębiorca działał w przekonaniu, iż jest podatnikiem VAT czynnym. Nie przesądzają jednak jednoznacznie, że wcześniej świadomie zawiadomił urząd o zamiarze rezygnacji w trybie art. 113 ust. 4 ustawy.

Interpretacja pokazuje zatem podejście oparte bardziej na całokształcie zachowania podatnika niż na formalnym rozróżnieniu podstaw wskazanych w VAT-R. Nie można wykluczyć, że kwestia ta będzie przedmiotem kontroli sądu administracyjnego.

Co oznacza ta interpretacja dla przedsiębiorców?

Przed złożeniem VAT-R warto zweryfikować nie tylko wysokość sprzedaży, ale również zasady ustalania limitu. Do limitu nie wlicza się bowiem każdej kwoty uzyskanej przez przedsiębiorcę, a w przypadku rozpoczęcia działalności w trakcie roku limit ustala się proporcjonalnie.

Jeżeli błąd zostanie wykryty już po rejestracji, dalsze działania powinny zostać zaplanowane przed wystawieniem faktur z VAT i złożeniem JPK. Każda z tych czynności może zostać potraktowana jako potwierdzenie, że przedsiębiorca zaakceptował status podatnika VAT czynnego. Dodatkowo faktura z wykazaną kwotą podatku może rodzić obowiązek zapłaty VAT na podstawie art. 108 ustawy o VAT, niezależnie od sporu o skuteczność samej rezygnacji ze zwolnienia.

W praktyce należy w szczególności:

ustalić prawidłową wartość sprzedaży uwzględnianej w limicie zwolnienia;

sprawdzić, czy podatnik nie wykonuje czynności wyłączających zwolnienie bez względu na obrót;

zweryfikować podstawę rejestracji wskazaną w VAT-R oraz datę, od której ma nastąpić opodatkowanie;

przeanalizować skutki wystawionych faktur, złożonych JPK oraz odliczonego podatku naliczonego;

ocenić zasady ewentualnego powrotu do zwolnienia i ryzyko wynikające z art. 113 ust. 11 ustawy o VAT.

Od 2026 r. limit zwolnienia wynosi 240 000 zł

Od 1 stycznia 2026 r. limit zwolnienia podmiotowego został podniesiony z 200 000 zł do 240 000 zł. Przepisy przejściowe objęły także określonych podatników, których sprzedaż w 2025 r. przekroczyła dotychczasowy limit, ale nie była wyższa niż 240 000 zł. Regulację stosuje się odpowiednio do podatników, którzy rozpoczęli działalność w trakcie 2025 r.

W omawianej interpretacji Dyrektor KIS wyraźnie zastrzegł jednak, że nie oceniał prawidłowości korzystania przez podatnika ze zwolnienia od 1 stycznia 2026 r., ponieważ zagadnienie to nie zostało objęte pytaniem. Nie należy więc traktować tego rozstrzygnięcia jako potwierdzenia, że zgłoszony przez przedsiębiorcę powrót do zwolnienia po dwóch dniach był skuteczny.

Podsumowanie

Powyższa interpretacja jest ważnym ostrzeżeniem przed pochopną rejestracją do VAT. Zdaniem KIS nawet błędne wskazanie utraty zwolnienia może w praktyce prowadzić do uznania, że podatnik skutecznie zrezygnował ze zwolnienia, jeżeli po rejestracji rozliczał się jak podatnik VAT czynny.

Jednocześnie stanowisko organu może budzić zastrzeżenia, ponieważ art. 113 ust. 4 ustawy o VAT odwołuje się do zawiadomienia o zamiarze rezygnacji, a formularz VAT-R rozróżnia rezygnację od utraty zwolnienia. Spór dotyczy więc nie tylko skutków omyłki, lecz także tego, czy późniejsze zachowanie podatnika może zastąpić jednoznaczne oświadczenie wymagane przez ustawę.

Dla przedsiębiorców praktyczny wniosek jest prosty: błąd w VAT-R należy analizować natychmiast, zanim zostaną wystawione faktury i przesłane rozliczenia. Im więcej czynności właściwych dla podatnika VAT czynnego zostanie wykonanych, tym trudniej będzie przekonać organ, że rejestracja była jedynie pomyłką techniczną.