Ceny transferowe a decyzja o wsparciu w PSI

3 lipca 2024 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał interpretację indywidualną o sygnaturze 0111-KDIB1-3.4010.280.2024.1.DW dotyczącą możliwości skorzystania z wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych w przypadku podmiotów posiadających decyzję o wsparciu w ramach Polskiej Strefy Inwestycji. Następnie, po wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego, 5 maja 2026 r. została wydana ponowna interpretacja indywidualna o sygnaturze 0111-KDIB1-3.4010.280.2024.7.DW, w której organ uwzględnił stanowisko sądu dotyczące rozumienia „korzystania” ze zwolnienia podatkowego na gruncie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. 

Opis stanu faktycznego 

Wnioskodawca jest spółką działającą w branży produkcyjnej, posiadającą siedzibę w Polsce i podlegającą nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w CIT. Spółka zawiera transakcje z podmiotami powiązanymi mającymi siedzibę na terytorium Polski, a wartość tych transakcji przekracza progi dokumentacyjne określone w art. 11k ust. 2 ustawy o CIT. W 2019 r. spółka uzyskała decyzję o wsparciu w ramach Polskiej Strefy Inwestycji, co dawało jej możliwość korzystania ze zwolnienia podatkowego przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. Do końca 2022 r. przedsiębiorca wykorzystał jednak maksymalną wartość pomocy publicznej wynikającej z tej decyzji. W 2023 r. spółka nie uzyskiwała już dochodów zwolnionych z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT. Jednocześnie zarówno wnioskodawca, jak i podmiot powiązany nie korzystali ze zwolnień wskazanych w art. 6 ustawy o CIT oraz nie ponieśli straty podatkowej. Spółka wskazała również, że w przyszłości może uzyskać kolejne decyzje o wsparciu i kontynuować działalność zarówno zwolnioną, jak i opodatkowaną na zasadach ogólnych. Wątpliwości podatnika dotyczyły możliwości zastosowania wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych w okresach, w których faktycznie nie korzysta on ze zwolnienia podatkowego. 

Wątpliwość Wnioskodawcy 

Wnioskodawca zwrócił się z pytaniem, czy po wykorzystaniu maksymalnej wartości pomocy publicznej wynikającej z decyzji o wsparciu nadal spełnia warunek określony w art. 11n pkt 1 lit. b ustawy o CIT, pozwalający na skorzystanie z wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych. Spółka zapytała również, czy w przypadku uzyskania kolejnych decyzji o wsparciu wyłączenie to będzie mogło być stosowane jeszcze przed osiągnięciem dochodu zwolnionego  
z opodatkowania, nawet jeśli wcześniej poniesione zostaną koszty kwalifikowane lub osiągnięte przychody związane z inwestycją. Dodatkowo wnioskodawca chciał potwierdzić, czy po wyczerpaniu pomocy publicznej wynikającej z kolejnych decyzji o wsparciu ponownie będzie uprawniony do korzystania z wyłączenia dokumentacyjnego. 

Stanowisko Wnioskodawcy 

Zdaniem wnioskodawcy warunek niekorzystania ze zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT należy interpretować literalnie, a więc odnosić go wyłącznie do faktycznego korzystania ze zwolnienia podatkowego. Spółka wskazała, że samo posiadanie decyzji o wsparciu nie oznacza jeszcze korzystania ze zwolnienia, jeżeli podatnik nie osiąga dochodu zwolnionego z opodatkowania. W ocenie podatnika po wykorzystaniu limitu pomocy publicznej nie korzysta on już ze zwolnienia,  
a tym samym spełnia warunki wyłączenia z obowiązku sporządzania dokumentacji cen transferowych. Analogicznie, w przypadku przyszłych decyzji o wsparciu, dopóki nie zostanie osiągnięty dochód podlegający zwolnieniu, spółka powinna mieć prawo do zastosowania wyłączenia dokumentacyjnego. Wnioskodawca podkreślił także, że przepisy odnoszą się do „korzystania” ze zwolnienia, a nie do samego faktu posiadania decyzji o wsparciu. Na poparcie swojego stanowiska spółka przywołała wcześniejsze interpretacje indywidualne Dyrektora KIS wydane w podobnych sprawach. 

Stanowisko i uzasadnienie organu 

Organ podatkowy uznał, że zwolnienie przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT ma charakter obligatoryjny i wynika bezpośrednio z mocy prawa. W ocenie organu podatnik posiadający ważną decyzję o wsparciu automatycznie korzysta ze zwolnienia podatkowego, niezależnie od tego, czy faktycznie osiąga dochód zwolniony z opodatkowania. Dyrektor KIS wskazał, że użyte w przepisie sformułowanie „wolne od podatku są” ma charakter imperatywny i nie pozostawia podatnikowi wyboru co do korzystania ze zwolnienia. Organ podkreślił również, że decyzja o wsparciu stanowi element systemu pomocy publicznej i wiąże się zarówno z uprawnieniami, jak i obowiązkami inwestora. Jednocześnie organ zgodził się, że po wyczerpaniu maksymalnej dopuszczalnej pomocy publicznej zwolnienie przestaje przysługiwać. W takiej sytuacji podatnik spełnia warunek z art. 11n pkt 1 lit. b ustawy o CIT i może korzystać z wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych, o ile spełnione są także pozostałe warunki ustawowe. Organ uznał jednak, że od momentu uzyskania kolejnych decyzji o wsparciu podatnik ponownie staje się podmiotem korzystającym ze zwolnienia, nawet jeżeli jeszcze nie osiągnął dochodu zwolnionego. W konsekwencji stanowisko spółki zostało uznane częściowo za nieprawidłowe, a częściowo za prawidłowe. 

Wyrok NSA i ponowne rozpatrzenie sprawy 

Po wydaniu interpretacji przez Dyrektora KIS sprawa trafiła na drogę sądową, a następnie została rozpoznana przez Naczelny Sąd Administracyjny. NSA nie zgodził się ze stanowiskiem organu podatkowego i wskazał, że kluczowe znaczenie ma literalna wykładnia art. 11n pkt 1 lit. b ustawy o CIT. Sąd podkreślił, że pojęcie „korzystania” ze zwolnienia oznacza faktyczne uzyskiwanie wymiernych korzyści podatkowych, czyli osiąganie dochodu objętego zwolnieniem. Samo posiadanie decyzji  
o wsparciu nie może być utożsamiane z korzystaniem ze zwolnienia podatkowego. NSA wskazał również, że decyzja o wsparciu stanowi jedynie warunek umożliwiający zastosowanie preferencji podatkowej, natomiast rzeczywiste korzystanie ze zwolnienia następuje dopiero z chwilą osiągnięcia dochodu podlegającego zwolnieniu. W konsekwencji sąd uchylił wcześniejszy wyrok oraz interpretację indywidualną, nakazując ponowne rozpoznanie sprawy z uwzględnieniem przedstawionej wykładni. 

W następstwie wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 28 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 369/25, Dyrektor KIS ponownie rozpatrzył wniosek podatnika i ostatecznie uznał stanowisko spółki za prawidłowe. Organ potwierdził tym samym, że brak osiągania dochodu zwolnionego z opodatkowania oznacza brak korzystania ze zwolnienia z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, co pozwala na zastosowanie wyłączenia z obowiązku sporządzania lokalnej dokumentacji cen transferowych. 

Komentarz eksperta 

Ostateczne rozstrzygnięcie NSA ma istotne znaczenie dla praktyki stosowania przepisów o cenach transferowych przez przedsiębiorców działających w Polskiej Strefie Inwestycji. Sąd jednoznacznie wskazał, że o „korzystaniu” ze zwolnienia podatkowego można mówić wyłącznie wtedy, gdy podatnik faktycznie osiąga dochód objęty zwolnieniem, a nie już z chwilą uzyskania decyzji o wsparciu. Wyrok ogranicza zatem ryzyko nadmiernie rozszerzającej interpretacji organów podatkowych i potwierdza konieczność ścisłej, literalnej wykładni przepisów dotyczących wyłączeń dokumentacyjnych w cenach transferowych. Rozstrzygnięcie to może mieć znaczenie także dla innych podmiotów posiadających decyzje o wsparciu, które czasowo nie osiągają dochodów zwolnionych z CIT. 

Źródło: https://eureka.mf.gov.pl/informacje/podglad/689770;keyWords=ceny%20transferowe