Dlaczego MF tak mocno nie lubi estońskiego CIT? A może to podatnicy nie byli przygotowani?

Ministerstwo Finansów opublikowało odpowiedź na interpelację poselską dotyczącą estońskiego CIT i po raz pierwszy ujawniło tak szerokie dane dotyczące kontroli, czynności sprawdzających oraz przypadków kwestionowania prawa do ryczałtu od dochodów spółek.  

Z odpowiedzi wynika jasno, że fiskus bardzo intensywnie analizuje podatników korzystających z tej formy opodatkowania. Skala działań KAS jest znacznie większa, niż mogło się wydawać przedsiębiorcom.   

Czy to oznacza, że podatnicy nie byli wystarczająco przygotowani do wejścia w estoński CIT i jego prawidłowego rozliczania? Czy może KAS interpretuje przepisy profiskalnie?  

Statystyki kontroli 

Bardzo słabo (dla podatników) wyglądają dane dotyczące kontroli zakończonych oraz ustaleń fiskusa. Przykładowo: 

• w styczniu 2025 r. zakończono 4 kontrole i we wszystkich dokonano ustaleń, a kwota uszczupleń wyniosła 3,84 mln zł, 

• w marcu 2025 r. zakończono 15 kontroli, ustalenia stwierdzono w 10 przypadkach, a uszczuplenia wyniosły 6,25 mln zł, 

• w czerwcu 2025 r. zakończono 5 kontroli, ustalenia wystąpiły w 4 przypadkach, a kwota uszczupleń osiągnęła 6,18 mln zł, 

• w marcu 2026 r. zakończono 5 kontroli i we wszystkich przypadkach fiskus dokonał ustaleń, określając uszczuplenia na poziomie 6,53 mln zł.  

Dane pokazują więc nie tylko dużą aktywność kontrolną, ale również bardzo wysoką skuteczność fiskusa. W zdecydowanej większości zakończonych kontroli organy wskazywały nieprawidłowości. 

Problem skutecznego wyboru estońskiego CIT 

Jednocześnie Ministerstwo Finansów ujawniło dane dotyczące przypadków, w których stwierdzono brak skutecznego wyboru estońskiego CIT. To szczególnie ważne dla spółek, które obawiają się utraty prawa do ryczałtu z przyczyn formalnych.  

Najwięcej przypadków dotyczyło negatywnej weryfikacji zgłoszenia ZAW-RD. Fiskus stwierdził brak skutecznego wyboru opodatkowania: 

• w 242 przypadkach w 2022 r., 

• w 154 przypadkach w 2023 r., 

• w 155 przypadkach w 2024 r., 

• oraz w 91 przypadkach już w I półroczu 2025 r.  

To jednak nie wszystko. MF wskazało również przypadki niespełnienia innych warunków estońskiego CIT wynikających z art. 28j ustawy o CIT. 

Przykładowo: 

• naruszenie warunku z art. 28j ust. 1 pkt 7 ustawy o CIT (zawiadomienie o wyborze) stwierdzono odpowiednio w 110 przypadkach w 2022 r., 68 w 2023 r., 111 w 2024 r. i 56 w I półroczu 2025 r., 

• niespełnienie warunku dotyczącego zatrudnienia i innych wymogów organizacyjnych z art. 28j ust. 1 pkt 3 odnotowano w 22 przypadkach w 2022 r., 20 w 2023 r., 51 w 2024 r. oraz aż 48 przypadkach już w I półroczu 2025 r., 

• problemy związane z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT (struktura kapitałowa), stwierdzono w 12 przypadkach w 2022 r., 10 w 2023 r., 27 w 2024 r. oraz 50 przypadkach już w I półroczu 2025 r.  

Szczególnie istotne jest to, że Ministerstwo Finansów nadal podtrzymuje restrykcyjne stanowisko dotyczące formalnych warunków wejścia w estoński CIT. Resort wprost wskazał, że brak wszystkich wymaganych podpisów pod sprawozdaniem finansowym może oznaczać, iż sprawozdanie nie zostało sporządzone zgodnie z ustawą o rachunkowości, co z kolei może skutkować uznaniem wyboru estońskiego CIT za nieskuteczny.   

Co ważne, MF nie planuje obecnie zmiany objaśnień podatkowych w tym zakresie. To oznacza, że ryzyko sporów dotyczących skuteczności wyboru estońskiego CIT nadal pozostaje bardzo wysokie. A biorąc pod uwagę milionowe doszacowania ujawnione przez fiskusa, dla części podatników nawet drobny błąd formalny może okazać się niezwykle kosztowny. 

Źródło: odpowiedź MF na interpelację nr 16439 z 30 kwietnia 2026 r.