Faktura poza Krajowy System e-Faktur… czy może być kosztem w podatku dochodowym od osób prawnych?
Posłuchaj artykułu:
Od 1 lutego 2026 r. obowiązkowy Krajowy System e-Faktur stał się faktem, przynajmniej dla części podatników. I choć w systemie są już miliony e-faktur, to realia rynku są takie, że duża część firm nadal nie wystawia faktur w Krajowym Systemie e-Faktur (albo robi to niekonsekwentnie), z powodu błędnej kwalifikacji obowiązku, okresów przejściowych, awarii, braku wdrożenia IT czy zwykłej niewiedzy. MF podawało, że w pierwszych dniach działania obowiązkowego w systemie było ok. 11 mln faktur wystawionych przez ponad 67 tys. podmiotów, przy czym obowiązkiem od 1 lutego objętych było ok. 4,8 tys. podmiotów.
W kontekście powyższego, interpretacja Dyrektora KIS z 9 stycznia 2026 r. (0111-KDIB1-3.4010.713.2025.2.JG) jest jedną z tych, które praktycznie „ustawiają” temat kosztów podatkowych w podatku dochodowym od osób prawnych przy fakturach zakupowych wystawionych poza Krajowy System e-Faktur.
O co chodziło w sprawie? 🧾
Spółka wskazała, że po wejściu obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur może nadal otrzymywać od dostawców faktury zakupowe poza Krajowy System e-Faktur (papierowe lub „zwykłe” e-faktury), mimo że – co do zasady – od 1 lutego 2026 r. część dostawców powinna wystawiać faktury ustrukturyzowane w Krajowym Systemie e-Faktur.
Powody? Typowe dla rynku:
- dostawca błędnie uzna, że nie ma obowiązku Krajowy System e-Faktur,
- zamieszanie w okresie przejściowym,
- awaria/niedostępność,
- brak gotowości narzędziowej,
- zwykły błąd procesowy po stronie kontrahenta.
Spółka zapytała wprost: czy może ująć w kosztach podatku dochodowego od osób prawnych (albo w wartości początkowej ŚT/WNiP) wydatki udokumentowane taką fakturą, pomimo że została wystawiona poza Krajowy System e-Faktur „wbrew obowiązkowi”?
Stanowisko KIS: TAK – sama „forma poza Krajowy System e-Faktur” nie wyklucza kosztu ✅
Dyrektor KIS uznał stanowisko spółki za prawidłowe: ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych, nie wprowadziła przepisu, który wyłączałby koszt tylko dlatego, że faktura zakupowa została wystawiona poza Krajowy System e-Faktur.
Kluczowe tezy z uzasadnienia (w praktycznym skrócie):
- Podatek dochodowy od osób prawnych nie przewiduje sankcji dla nabywcy za fakturę poza Krajowy System e-Faktur.
- Dla podatku dochodowego od osób prawnych liczy się, czy wydatek spełnia warunki z art. 15 ust. 1 i nie jest wyłączony przez art. 16, a dokument jedynie potwierdza realną transakcję.
- Jeśli faktura (nawet poza Krajowy System e-Faktur) jest rzetelnym dowodem księgowym i wydatek jest gospodarczo uzasadniony, to może być kosztem (albo zwiększać wartość początkową).
Innymi słowy: błąd kontrahenta w zakresie formy wystawienia faktury nie powinien automatycznie „wycinać” kosztu po stronie nabywcy.
Dlaczego ta wykładnia jest tak ważna właśnie teraz? 🔥
1) Krajowy System e-Faktur nie obejmuje rynku „od razu” w całości
Obowiązek wchodzi etapami (dla największych od 1 lutego 2026 r., dla pozostałych później), a do tego są przepisy przejściowe i progi, które w praktyce będą generowały zamieszanie jeszcze bardzo długo.
2) Nawet przy obowiązku – część faktur i tak „ucieknie” poza system
MF samo pokazuje skalę startu: miliony faktur w systemie, ale wciąż relatywnie ograniczona liczba podmiotów aktywnie wystawiających w Krajowym Systemie e-Faktur na początku obowiązku. W realnych procesach zakupowych to oznacza jedno: działy księgowość będą dostawały faktury poza Krajowy System e-Faktur, mimo że „powinny” być.
3) Gdyby fiskus próbował kwestionować koszty „za formę”, to byłby chaos
Ta interpretacja jest czytelnym sygnałem: Podatek dochodowy od osób prawnych ocenia koszt przez pryzmat celu, związku z przychodem i rzetelnego udokumentowania, a nie przez „kanał wystawienia faktury”.
