Nowelizacja Ordynacji podatkowej – nowe zasady naliczania odsetek przy przedłużających się kontrolach

4 listopada 2025 r. weszła w życie nowelizacja Ordynacji podatkowej, która wprowadziła do art. 54 § 1 nowy pkt 7c. Zgodnie z nowym przepisem:

 „W przypadku niezakończenia kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej w terminie 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia, odsetki za zwłokę naliczane są za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia jej zakończenia”.

To oznacza, że ustawodawca w końcu wprowadził jasną regułę dotyczącą naliczania odsetek w sytuacji przedłużających się kontroli. Do art. 54 dodano również § 2a określający jakich terminów i okresów nie wlicza się do ww. terminów i okresów.

Spis treści:

1. Dlaczego to istotne?
2. Przepisy przejściowe – zastosowanie nowych zasad
3. Komentarz

1. Dlaczego to istotne?

Dotychczas brakowało jednoznacznych przepisów regulujących tę kwestię. Przed wejściem w życie omawianej nowelizacji obowiązywały przepisy, które przewidywały brak naliczania odsetek tylko w postępowaniu podatkowym (art. 54 § 1 pkt 7 OP), jeśli decyzja nie została doręczona w ciągu 3 miesięcy od wszczęcia postępowania.

W praktyce prowadziło to do niepewności i sporów pomiędzy podatnikami, a organami podatkowymi w związku z możliwością odpowiedniego stosowania powyższego przepisu do kontroli podatkowych oraz kontroli celno-skarbowych.

Sądy administracyjne (np. WSA w Krakowie w wyroku z 19.10.2022 r., sygn. I SA/Kr 594/22) wskazywały, że w przypadku kontroli trwającej ponad 3 miesiące odsetki nie powinny być naliczane, powołując się na zasadę równości, analogię do art. 54 OP oraz orzecznictwo Trybunału Konstytucyjnego. W orzecznictwie obecne jest również stanowisko przeciwne, zgodnie z którym te zasady nie powinny mieć zastosowania do kontroli podatkowych i celno-skarbowych (np. WSA w Szczecinie w wyroku z 31.01.2024 r., sygn. I SA/Sz 563/23).

 
2.Przepisy przejściowe – zastosowanie nowych zasad

Wprowadzony nowelizacją przepis ma oczywiście zastosowanie do wszystkich kontroli podatkowych i celno-skarbowych wszczętych po wejściu w życiu komentowanego przepisu.

Natomiast art. 2 ustawy nowelizującej wprowadził istotny przepisy przejściowy, zgodnie z którym:

„przepisy art. 54 § 1 pkt 7c i § 2a stosuje się również do kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej wszczętej w okresie 6 miesięcy przed dniem wejścia w życie ustawy i niezakończonej przed tym dniem”.

Zgodnie zatem z przepisem przejściowym, nowe zasady będą mieć zastosowanie do kontroli spełniających oba ww. warunki tj. wszczętych w okresie 6 miesięcy przed 4 listopada 2025 r. i niezakończonych przed tym dniem.

3. Komentarz

Nowelizacja jest odpowiedzią na wieloletnie wątpliwości interpretacyjne w zakresie naliczania odsetek od zaległości podatkowej w okresie przedłużających się kontroli podatkowych i celno-skarbowych.

Wprowadzenie jasnych zasad naliczania odsetek w przypadku przedłużających się kontroli zwiększa pewność prawa i eliminuje niekorzystny dla podatników stan prawny, na podstawie którego dochodziło od nieuzasadnionego uzyskania przez administrację podatkową korzyści w postaci zwiększonej kwoty odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych pomimo przewlekłego prowadzenia kontroli.