Oprocentowanie nadpłat po APA należne podatnikom CIT

Naczelny Sąd Administracyjny wydał ważne orzeczenie dotyczące oprocentowania nadpłat CIT powstałych po uzyskaniu uprzednich porozumień cenowych (APA). Sąd potwierdził, że podatnicy nie mogą ponosić negatywnych skutków przewlekłych postępowań prowadzonych przez administrację skarbową.  

Wyrok ma szczególne znaczenie dla podmiotów, które w latach 2018–2021 stosowały ograniczenia wynikające z art. 15e ustawy o CIT, a po uzyskaniu APA odzyskały nadpłacony podatek. 

Spór wokół art. 15e CIT i APA 

Przepisy obowiązujące w latach 2018–2021 ograniczały możliwość zaliczania do kosztów podatkowych wydatków na usługi niematerialne i opłaty licencyjne nabywane od podmiotów powiązanych. Wyjątek dotyczył podatników posiadających APA potwierdzające rynkowy charakter rozliczeń.  

W praktyce wielu podatników najpierw płaciło wyższy CIT, a dopiero po zakończeniu postępowania APA mogło skorygować rozliczenia i odzyskać nadpłatę podatku. 

Problemem okazał się jednak czas trwania procedur. Choć ustawowy termin wydania APA wynosił 6 miesięcy, postępowania trwały często kilka lat. 

NSA: państwo nie może korzystać z przewlekłości 

W analizowanej sprawie podatnik odzyskał ponad 2 mln zł nadpłaty CIT po korekcie rozliczenia, jednak organ podatkowy odmówił wypłaty oprocentowania, wskazując na brak wyraźnej podstawy w Ordynacji podatkowej.  

NSA nie zgodził się z takim stanowiskiem. Sąd podkreślił, że brak przepisu regulującego konkretną sytuację nie oznacza braku ochrony praw podatnika. W ocenie NSA konieczne było zastosowanie analogii legis. 

Sąd wyraźnie zaakcentował, że państwo nie może osiągać korzyści finansowych z własnej przewlekłości ani przerzucać skutków wadliwych regulacji na podatników. 

Funkcja oprocentowania nadpłaty 

NSA przypomniał, że oprocentowanie nadpłaty ma charakter: 

• kompensacyjny,  

• odszkodowawczy,  

• restytucyjny.  

Oznacza to, że powinno rekompensować podatnikowi brak możliwości korzystania z własnych środków pieniężnych przez okres przedłużającego się postępowania. 

Sąd wskazał również na konstytucyjną zasadę zaufania obywatela do państwa i ochronę praw majątkowych podatników. 

Od kiedy naliczać oprocentowanie? 

NSA uznał, że oprocentowanie powinno być liczone od dnia złożenia wniosku o APA do dnia wydania decyzji APA. Jednocześnie sąd nie podzielił stanowiska, że oprocentowanie powinno obejmować także okres do dnia faktycznego zwrotu nadpłaty.  

Znaczenie wyroku dla podatników 

Orzeczenie może mieć istotne znaczenie dla firm, które: 

• składały wnioski APA dotyczące lat 2018–2021,  

• stosowały ograniczenia z art. 15e CIT,  

• po uzyskaniu APA odzyskały nadpłaty podatku,  

• oczekiwały na zakończenie postępowań znacznie dłużej niż przewidywały przepisy.  

W wielu przypadkach podatnicy mogą rozważyć dochodzenie dodatkowego oprocentowania nadpłat, zwłaszcza jeśli wcześniej organy podatkowe odmawiały jego wypłaty. 

Komentarz eksperta 

Wyrok NSA należy uznać za istotny krok w kierunku wzmocnienia ochrony praw podatników. Sąd jednoznacznie wskazał, że luki w przepisach nie mogą prowadzić do sytuacji, w której Skarb Państwa korzysta finansowo z przewlekłości postępowań administracyjnych. 

Szczególnie ważne jest dopuszczenie przez NSA stosowania analogii legis na korzyść podatnika w celu usuwania luk naruszających standardy konstytucyjne. Argumentacja przedstawiona przez sąd może mieć znaczenie także w innych sporach dotyczących nadpłat podatkowych oraz odpowiedzialności administracji za opóźnienia w postępowaniach. 

Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 marca 2026 r., sygn. akt II FSK 1332/25