Posiadanie kilku decyzji o wsparciu – czy konieczna jest odrębna ewidencja dla każdej inwestycji?
Wielu przedsiębiorców rozwijających swoją działalność w ramach Polskiej Strefy Inwestycji z czasem uzyskuje więcej niż jedną decyzję o wsparciu. Kolejne inwestycje często wiążą się z rozbudową istniejących zakładów lub tworzeniem zupełnie nowych, nierzadko w innych miejscowościach. Wraz z rosnącym portfelem decyzji pojawia się istotny problem natury księgowej i podatkowej: czy przychody i koszty należy sztucznie przypisywać do każdej z posiadanych decyzji z osobna, tworząc skomplikowaną sieć odrębnych ewidencji?
Zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (art. 17 ust. 1 pkt 34a oraz ust. 6a), podatnik korzystający ze zwolnienia ma bezwzględny obowiązek wydzielenia organizacyjnego działalności zwolnionej i prowadzenia ewidencji pozwalającej na ustalenie dochodu wolnego od podatku. Jednocześnie przepisy ustawy o wspieraniu nowych inwestycji (art. 13 ust. 6) wprowadzają zasadę, że w przypadku posiadania co najmniej dwóch decyzji o wsparciu, rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością ich wydania. Przepisy milczą jednak na temat tego, jak technicznie zorganizować ewidencję, gdy decyzji jest kilka.
W wydanej w dniu 28 lipca 2026 roku, nr: 0111-KDIB1-3.4010.424.2026.1.MBD interpretacji indywidualnej, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej rozwiał obawy podatników, stając po ich stronie. Sprawa dotyczyła spółki, która posiadała aż trzy decyzje o wsparciu dla inwestycji zlokalizowanych w różnych miejscowościach i gminach. Spółka argumentowała, że ustawa nakazuje jedynie oddzielenie działalności zwolnionej od opodatkowanej na zasadach ogólnych, ale nie wymaga tworzenia subewidencji dla każdego projektu z osobna.
Organ w pełni podzielił to stanowisko i potwierdził, że podatnik ma pełne prawo prowadzić jedną, łączną ewidencję podatkową dla całej działalności podlegającej zwolnieniu z CIT, realizowanej na podstawie wszystkich posiadanych w danym okresie decyzji o wsparciu. Co istotne, fakt, że inwestycje są zlokalizowane w zupełnie różnych miejscach, nie stanowi ku temu przeszkody.
Prowadzenie wspólnej ewidencji dla dochodów zwolnionych współgra z ustawowym nakazem chronologicznego rozliczania pomocy. Zgodnie z zaakceptowanym przez organ podejściem, łączny dochód wygenerowany z działalności wspieranej konsumuje w pierwszej kolejności limit pomocy publicznej wynikający z najstarszej decyzji o wsparciu. Dopiero gdy limit ten zostanie całkowicie wyczerpany, osiągany dochód zaczyna pomniejszać limit z kolejnej decyzji (zgodnie z datami ich wydania). Jest to niezwykle korzystne i racjonalne podejście, które zdejmuje z przedsiębiorców ciężar administracyjny związany ze sztucznym i często niemożliwym do precyzyjnego przeprowadzenia alokowaniem kosztów pośrednich do poszczególnych decyzji.
