Przewlekła kontrola celno-skarbowa a odsetki za zwłokę – jak NSA zmienił podejście fiskusa
Problem naliczania odsetek za zwłokę w trakcie długotrwałych kontroli celno-skarbowych od lat budził poważne kontrowersje. Podatnicy wskazywali, że są obciążani dodatkowymi kosztami wyłącznie dlatego, że organ działał wolno lub nieskutecznie. Organy podatkowe z kolei konsekwentnie twierdziły, że przepisy Ordynacji podatkowej nie chronią podatnika na etapie kontroli, a dopiero po formalnym wszczęciu postępowania podatkowego.
To podejście zostało zasadniczo zakwestionowane przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 25 listopada 2025 r., sygn. III FSK 804/24, który stanowi jeden z kluczowych punktów odniesienia w sporach o odsetki.
Kontrola celno-skarbowa jako źródło narastających odsetek
W praktyce kontrola celno-skarbowa bardzo często nie ogranicza się do wstępnej weryfikacji rozliczeń. Organy gromadzą w jej toku pełny materiał dowodowy, przesłuchują świadków, analizują dokumentację księgową i faktycznie rozstrzygają o wysokości zobowiązania podatkowego.
Mimo to fiskus przez lata utrzymywał, że:
- kontrola nie jest postępowaniem podatkowym,
- art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej nie ma do niej zastosowania,
- odsetki mogą być naliczane za cały okres kontroli – niezależnie od jej długości.
Efekt był prosty: im dłużej trwała kontrola, tym większe były odsetki, nawet jeśli podatnik pozostawał biernym uczestnikiem procedury.
Spór rozstrzygnięty przez NSA – wyrok z 25 listopada 2025 r. (III FSK 804/24)
Sprawa rozpoznana przez NSA dotyczyła naliczania odsetek od zaległości w CIT za okres trwania kontroli celno-skarbowej, którą podatnik uznał za przewlekłą. Organy i WSA przyjęły formalistyczne stanowisko, zgodnie z którym brak było podstaw do wyłączenia odsetek.
NSA uchylił w całości wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, nie zgadzając się z takim podejściem. W uzasadnieniu sąd wyraźnie zaznaczył, że ochrona podatnika nie może zależeć wyłącznie od technicznej formy działania organu.
Gwarancyjny sens art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej
Kluczowym elementem rozumowania NSA było podkreślenie, że art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej ma charakter gwarancyjny, a nie wyłącznie proceduralny.
Sąd wskazał, że:
- celem tego przepisu jest przeciwdziałanie przewlekłości działań organów,
- podatnik nie powinien ponosić ekonomicznych skutków opieszałości państwa,
- ograniczenie naliczania odsetek ma dyscyplinować administrację skarbową.
Zdaniem NSA, zawężanie stosowania tego przepisu wyłącznie do formalnie wszczętego postępowania podatkowego prowadziłoby do obejścia jego celu.
Kontrola nie może być „strefą wolną” od odpowiedzialności fiskusa
NSA jednoznacznie sprzeciwił się koncepcji, zgodnie z którą kontrola celno-skarbowa miałaby pozostawać poza mechanizmami chroniącymi podatnika. Sąd podkreślił, że:
- jeżeli kontrola w praktyce prowadzi do określenia zobowiązania podatkowego,
- to jej skutki prawne muszą być oceniane analogicznie do postępowania podatkowego,
- fiskus nie może osiągać korzyści finansowych z własnej przewlekłości.
W uzasadnieniu pojawiła się jednoznaczna teza, że państwo nie może „zarabiać” na tym, że samo działa zbyt wolno.
Co ten wyrok oznacza w praktyce dla podatników
Wyrok NSA z 25 listopada 2025 r. ma bardzo konkretne konsekwencje praktyczne. Otwiera on drogę do:
- kwestionowania odsetek naliczonych za okres przekraczający 3 miesiące,
- podnoszenia zarzutu przewlekłości kontroli celno-skarbowej,
- wnioskowania o ponowne przeliczenie zobowiązań podatkowych,
- skuteczniejszej obrony w sporach dotyczących CIT.
Dla organów oznacza natomiast konieczność bardziej sprawnego prowadzenia kontroli i ostrożniejszego naliczania odsetek.
Komentarz eksperta
Wyrok NSA z 25 listopada 2025 r. (III FSK 804/24) to bardzo ważny sygnał dla praktyki podatkowej. Sąd jasno wskazał, że kontrola celno-skarbowa nie może być wykorzystywana jako narzędzie omijania gwarancji procesowych podatnika. W wielu sprawach zakończonych w ostatnich latach istnieją realne podstawy do podważenia naliczonych odsetek.
