Standardy i zasady prowadzenia postępowań podatkowych w sporach o ceny transferowe – na przykładzie wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 maja 2025 r. (sygn. II FSK 1097/22)

Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 maja 2025 r. (sygn. II FSK 1097/22) stanowi jedno z istotniejszych rozstrzygnięć ostatnich lat w obszarze cen transferowych oraz standardów prowadzenia postępowania dowodowego przez organy podatkowe. Orzeczenie to wpisuje się w utrwalającą się linię orzeczniczą, w której sądy administracyjne konsekwentnie przypominają, że przepisy o cenach transferowych – jako wyjątek od zasad ogólnych – muszą być stosowane z zachowaniem podwyższonych standardów rzetelności i uzasadnienia. 

Stan faktyczny sprawy 

Sprawa dotyczyła podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. Podatnik – spółka należąca do międzynarodowej grupy kapitałowej – dokonał korekty rozliczenia zeznania CIT8, obniżając uprzednio zastosowaną marżę w transakcjach z podmiotami powiązanymi (z 8,5% do 6,5%). Korekta wynikała z przyjętej w grupie polityki cen transferowych oraz przeprowadzonej analizy porównawczej, zgodnie z metodą „koszt plus”. 

Skutkiem korekty było wykazanie nadpłaty podatku. Organy podatkowe zakwestionowały jednak działania spółki, uznając, że korekta ma charakter retroaktywnej zmiany warunków transakcji, a nie korekty błędu. W konsekwencji organ: 

• przeprowadził własną analizę porównawczą i ustalił marżę na poziomie wyższym (9,35%), 
• zakwestionował możliwość zaliczenia części kosztów (tzw. passthrough costs) do kosztów uzyskania przychodu, 
• odmówił stwierdzenia nadpłaty podatku. 

Postępowanie przed Wojewódzki Sąd Administracyjny

Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił decyzję organu podatkowego, wskazując na naruszenie zasad postępowania dowodowego. W szczególności Wojewódzki Sąd Administracyjny zwrócił uwagę, że organ: 

• nie odniósł się w sposób merytoryczny do zarzutów podatnika wobec przeprowadzonej przez siebie analizy porównawczej, 
• pominął część dowodów przedstawionych przez spółkę lub odrzucił je bez należytego uzasadnienia, 
• nie wykazał w sposób przekonujący, że zastosowana przez podatnika marża była nierynkowa. 

Stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego  

Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego, w pełni podzielając ocenę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. W uzasadnieniu Naczelny Sąd Administracyjny podkreślił kilka kluczowych kwestii istotnych z punktu widzenia praktyki podatkowej: 

1. Ciężar dowodu w sporach z zakresu cen transferowych 

Naczelny Sąd Administracyjny przypomniał, że choć podatnik jest zobowiązany do posiadania dokumentacji cen transferowych, to na organach podatkowych spoczywa obowiązek wykazania, że warunki ustalone pomiędzy podmiotami powiązanymi odbiegają od warunków rynkowych. Sam fakt przeprowadzenia przez organ własnej analizy porównawczej nie zwalnia go z obowiązku odniesienia się do argumentów i dowodów podatnika. 

2. Zakaz arbitralnego odrzucania dowodów podatnika 

Sąd jednoznacznie wskazał, że organ podatkowy nie może pomijać lub dyskwalifikować analiz porównawczych przedstawionych przez podatnika wyłącznie dlatego, że prowadzą one do wniosków korzystnych dla strony. Każdy dowód powinien zostać oceniony zgodnie z zasadami wynikającymi z Ordynacji podatkowej, a jego odrzucenie wymaga szczegółowego i logicznego uzasadnienia. 

3. Znaczenie uzasadnienia decyzji podatkowej 

Naczelny Sąd Administracyjny zaakcentował, że wadliwe uzasadnienie decyzji – w szczególności brak wyjaśnienia, dlaczego organ uznał określoną marżę za nierynkową – stanowi samodzielną podstawę do jej uchylenia, niezależnie od tego, czy organ miał rację co do meritum. 

Praktyczne konsekwencje dla podatników 

Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 maja 2025 r. ma istotne znaczenie dla podmiotów dokonujących rozliczeń z podmiotami powiązanymi: 

• wzmacnia pozycję podatników w sporach dotyczących cen transferowych, potwierdzając, że organy podatkowe muszą rzetelnie konfrontować własne ustalenia z materiałem przedstawionym przez stronę; 
• podkreśla znaczenie kompleksowej i dobrze udokumentowanej analizy porównawczej, która może skutecznie bronić stanowiska podatnika; 
• wskazuje, że błędy proceduralne organu (zwłaszcza w zakresie uzasadnienia decyzji) mogą przesądzić o wyniku sprawy na korzyść podatnika. 

Wnioski dla praktyki cen transferowych 

Z perspektywy praktycznej omawiany wyrok prowadzi do kilku istotnych wniosków: 

• korekty cen transferowych – również dokonywane po zakończeniu roku podatkowego – nie mogą być automatycznie traktowane jako niedopuszczalne, o ile są oparte na rzetelnej analizie; 
• w toku kontroli lub postępowania podatkowego kluczowe znaczenie ma aktywna polemika z analizą organu oraz wskazywanie jej słabych punktów metodologicznych; 
• organy podatkowe, stosując przepisy o cenach transferowych, muszą pamiętać, że są to regulacje o charakterze wyjątkowym, wymagające szczególnej staranności. 
  
  

Komentarz eksperta 

Omawiany wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego ma znaczenie wykraczające poza indywidualną sprawę podatnika. Sąd wyraźnie przypomniał, że spory w zakresie cen transferowych nie mogą być rozstrzygane w sposób automatyczny ani schematyczny. Dla podatników oznacza to realną możliwość obrony swoich rozliczeń, pod warunkiem, że dysponują solidną dokumentacją i są w stanie merytorycznie zakwestionować ustalenia organu. 

Z perspektywy praktyki doradczej wyrok ten potwierdza, że dobrze przygotowana analiza porównawcza oraz konsekwentna argumentacja procesowa mogą przesądzić o wyniku sporu, nawet na etapie postępowania kasacyjnego. Jednocześnie jest to czytelny sygnał dla organów podatkowych, że niedostatki w zakresie postępowania dowodowego i uzasadnienia decyzji nie będą akceptowane przez sądy administracyjne.