Zwrot nadpłaty podatku VAT

Naczelny Sąd Administracyjny, w wyroku z dnia 3 września 2025 r. (sygn. akt I FSK 1248/22) rozstrzygnął wątpliwość, która dotyczyła możliwości odzyskania nadpłaty VAT przy sprzedaży, orzekając, iż podatnicy, którzy błędnie zastosowali stawkę podatku posiadają prawo ubiegania się o zwrot nadpłaty.

Wyżej wspominany wyrok odnosi się do sprawy spółki, która kupiła mieszkanie, wydzieliła z niego dwa odrębne lokale a następnie sprzedała jeden z nich stosując stawkę VAT w wysokości 8 %. Następnie okazało się, że spółka powinna była zastosować do dokonanej sprzedaży nieruchomości zwolnienie z VAT, przewidziane w art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, co zostało również potwierdzone w otrzymanej przez spółkę interpretacji dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej. Organ nie zgodził się jednak z tym, że spółce przysługuje prawo do korekty rozliczenia i uzyskania nadpłaty podatku. Organ stwierdził, iż zwrot nadpłaty VAT spółce, prowadziłby do jej bezpodstawnego wzbogacenia kosztem Skarbu Państwa oraz fakt, iż przedsiębiorstwo pełniło funkcję pośrednika w transakcji i realnie nie poniosło obowiązku podatkowego.

Stanowisko Krajowej Informacji Skarbowej uchylił jednak Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w swoim wyroku (sygn. akt I SA/Kr 1466/21), wskazując na art. 72 par. 1 pkt 1 oraz art. 73 par. 1 pkt 1 Ordynacji Podatkowej. Sąd podkreślił, że do odzyskania nadpłaty VAT nie jest konieczne udowodnianie, iż podatnik poniósł stratę majątkową ani ustalanie, kto faktycznie poniósł ciężar podatku. Kluczowe jest zdaniem Sądu samo nadpłacenie lub bezzasadne uiszczenie podatku.

Finalnie spór rozstrzygnąć musiał Naczelny Sąd Administracyjny. W przywołanym wyroku z dnia 3 września 2025 r. NSA powołał się na orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 21 marca 2024 r. (w polskiej sprawie C-606/22), w którym Trybunał również stwierdził, iż podatnik, który błędnie zastosował zawyżoną stawkę VAT, ma prawo domagać się od Skarbu Państwa zwrotu nadpłaty podatku.

Źródło:

Wyrok NSA z 3 września 2025 r., sygn. akt I FSK 1248/22

https://orzeczenia.nsa.gov.pl/doc/8121A5E5B6

https://curia.europa.eu/juris/document/document.jsf?text=&docid=284085&pageIndex=0&doclang=PL&mode=lst&dir=&occ=first&part=1&cid=1948357

https://isap.sejm.gov.pl/isap.nsf/download.xsp/WDU19971370926/U/D19970926Lj.pdf