Decyzje o wsparciu powinny być rozliczane po kolei
Posiadając kilka decyzji o wsparciu możliwe jest prowadzenie jednej wspólnej ewidencji rachunkowej dla działalności podlegającej zwolnieniu oraz chronologicznie rozliczanie tych decyzji.
Wsparcie na realizację nowej inwestycji, jest udzielane w formie zwolnienia od podatku dochodowego. Zgodnie art. 17 ust. 1 pkt 34a oraz ust. 4 Ustawy o CIT, zwolnieniu z opodatkowania podlega dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub dochód uzyskany z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Podatnicy są jednak obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych. Konieczne jest więc wprowadzenia przez podatnika mechanizmu pozwalającego na odrębne ustalenie dochodu podlegającego zwolnieniu z CIT i dochodu opodatkowanego. Z przepisów nie wynika jednak obowiązek prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności gospodarczej prowadzonej w oparciu o więcej niż jedną decyzję o wsparciu.
Jak wynika z Objaśnień podatkowych Ministra Finansów z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, w pkt 44 wskazanych Objaśnień wskazano wprost, że jeżeli podatnik uzyska kilka decyzji o wsparciu, przychody wynikające z realizacji nowych inwestycji podlegają sumowaniu (nie muszą być wydzielane na poszczególne nowe inwestycje).
Zatem konsekwentnie podatnik jest uprawniony do prowadzenia jednej wspólnej ewidencji rachunkowej i podatkowej dla działalności podlegającej zwolnieniu z CIT na podstawie posiadanych decyzji o wsparciu oraz ewentualnych kolejnych decyzji w przyszłości, a rozliczenie pomocy publicznej powinno następować zgodnie z kolejnością wydania tych decyzji, tj. w pierwszej kolejności wykorzystywany winien być limit pomocy publicznej wynikający z decyzji wydanej najwcześniej, a po jego wyczerpaniu - limit z kolejnych decyzji.
Powyższe stanowisko znajduje potwierdzenie zarówno w przepisach prawa, jak i w jednolitej linii interpretacyjnej organów podatkowych, w tym ostatniej interpretacji indywidulanej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 17 listopada 2025 roku, nr: 0111-KDWB.4010.143.2025.1.AZE.
