Wniosek o stwierdzenie nadpłaty - na co uważać?

W praktyce podatkowej wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest istotnym instrumentem, który pozwala podatnikom dochodzić zwrotu nienależnie zapłaconego podatku. Jednocześnie, z uwagi na swoją sformalizowaną naturę, wniosek ten powinien być precyzyjnie sformułowany – zarówno pod względem żądania, jak i argumentacji. Jakiekolwiek zawężenie zakresu wniosku wiąże ręce organu podatkowego, który nie może w ramach postępowania nadpłatowego wyjść poza ramy zakreślone przez podatnika bez wszczynania postępowania określającego całość zobowiązania podatkowego.

Czym jest wniosek o stwierdzenie nadpłaty?

Nadpłata oraz wniosek o stwierdzenie nadpłaty są uregulowane w m.in. w art.  72 i art. 75 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tymi przepisami, nadpłatą jest kwota:

• zapłacona nienależnie (czyli gdy obowiązek podatkowy nie istniał),
• zapłacona w wysokości wyższej niż należna (np. na skutek błędnej kwalifikacji lub błędnych obliczeń),
• uiszczona mimo wygaśnięcia zobowiązania (np. po przedawnieniu).

W praktyce najczęstsze przypadki dotyczą zapłaty podatku w zbyt wysokiej wysokości na skutek błędnej interpretacji przepisów lub błędnej kwalifikacji obiektu opodatkowania. Typowy przykład w podatku od nieruchomości to sytuacja, w której podatnik opodatkował dany obiekt jako budowlę, a następnie – w świetle orzecznictwa lub stanowiska organów – uznaje, że nie powinien on podlegać opodatkowaniu lub podlegać opodatkowaniu jako budynek. To istotna różnica, ponieważ sposób opodatkowania budynków (od powierzchni użytkowej) jest co do zasady korzystniejszy niż budowli (opodatkowanych od wartości).

Zakres wniosku – o czym powinien pamiętać podatnik

Zasadniczym elementem wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest jego zakres przedmiotowy. To podatnik decyduje, jakiego rodzaju błędów lub uchybień dopatruje się w swoim uprzednim działaniu. Może to być:

• zmiana kwalifikacji obiektu – np. z budowli na budynek;
• wskazanie, że obiekt w ogóle nie stanowi przedmiotu opodatkowania – np. nie jest budowlą ani budynkiem w rozumieniu ustawy;
• zmiana podstawy opodatkowania – np. zaniżona wartość, niewłaściwa powierzchnia użytkowa;
• błąd formalny lub materialny – np. zapłata podatku od obiektu niebędącego własnością podatnika lub zapłata zbyt wysokiego podatku w wyniku błędu.

Każdy z powyższych przypadków wymaga odrębnej argumentacji i uzasadnienia. Co istotne – organ podatkowy nie działa z urzędu poza granicami żądania zawartego we wniosku. Oznacza to, że jeśli podatnik ograniczy się np. do twierdzenia, że obiekt jest budynkiem, a nie budowlą, to organ nie będzie badał, czy obiekt w ogóle podlega opodatkowaniu. Taka ocena wykracza poza ramy sprawy wyznaczone przez treść wniosku.

Dlatego tak istotne jest, aby podatnik już na etapie składania wniosku przemyślał możliwe podstawy nadpłaty i odpowiednio sformułował zarówno żądanie, jak i jego uzasadnienie.

Przykład praktyczny – wyrok WSA w Poznaniu, sygn. I SA/Po 91/25

Doskonałą ilustracją opisanej wyżej zasady jest wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 29 maja 2025 r., sygn. akt I SA/Po 91/25. W sprawie tej podatnik złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości, wskazując, że opodatkowany obiekt został błędnie zakwalifikowany jako budowla, podczas gdy w jego ocenie powinien być uznany za budynek.

Organ podatkowy rozpatrzył sprawę wyłącznie w zakresie tej zmiany klasyfikacji – analizując, czy spełnione są przesłanki do uznania obiektu za budynek w rozumieniu przepisów Prawa budowlanego i ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. Nie badał natomiast, czy obiekt ten w ogóle powinien podlegać opodatkowaniu.

W toku postępowania podatnik próbował poszerzyć zakres sprawy, twierdząc, że obiekt nie spełnia definicji żadnej kategorii obiektów podlegających opodatkowaniu. Jednak zarówno organ, jak i sąd wskazały, że nie jest to możliwe – ponieważ ta kwestia nie została objęta pierwotnym wnioskiem.

Natomiast WSA stanął na stanowisku, iż organ podatkowy nie miał obowiązku ani możliwości wyjścia poza zakres przedstawiony we wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Jeżeli strona ograniczyła swoje żądanie do zmiany kwalifikacji obiektu z budowli na budynek, to ocena, czy obiekt w ogóle podlega opodatkowaniu, nie była przedmiotem sprawy.

Podsumowanie

Wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości to skuteczne narzędzie dochodzenia swoich praw przez podatnika, ale jednocześnie instytucja sformalizowana i wymagająca przemyślanego działania. Zakres wniosku wyznacza granice sprawy i determinuje, jakie kwestie mogą być przez organ rozpatrywane. Niedopatrzenia w tym zakresie mogą skutkować nie zgodzeniem się z wnioskiem przez organ lub ograniczeniem rozpoznania jedynie do części problemu, co w praktyce może oznaczać brak możliwości odzyskania nadpłaty w pełnym zakresie.

Co zatem zrobić, żeby organ rozpatrzył wszystkie kwestie?

W sytuacji, gdy pojawiają się wątpliwości co do opodatkowania danego obiektu i zakresu wniosku, należy:

1. Przeanalizować możliwe podstawy stwierdzenia nadpłaty – czy chodzi tylko o zmianę klasyfikacji, czy być może obiekt w ogóle nie powinien być opodatkowany?
2. Precyzyjnie określić żądanie we wniosku – wskazując wszystkie potencjalne podstawy uznania, że nadpłata wystąpiła.
3. Zgromadzić odpowiednią dokumentację – w tym dokumenty techniczne, decyzje budowlane, ewidencję środków trwałych, ekspertyzy itp.