Przedłużenie terminu zwrotu VAT przez urząd skarbowy – kiedy to możliwe i jak się bronić?

Zwrot VAT to dla wielu podatników istotny element utrzymania płynności finansowej. Ustawowo urząd skarbowy powinien dokonać zwrotu w terminie 60 dni od złożenia deklaracji VAT (lub szybciej – w przypadku przyspieszonego zwrotu). Jednak w praktyce często zdarza się, że termin zwrotu podatku jest przedłużany, czasami nawet wielokrotnie. Standardowa weryfikacja trwa zazwyczaj krótko, niemniej w przypadku podejrzewania przez organ nierzetelności transakcji bądź wyłudzenia podatku, termin zwrotu podatku może ulec znacznemu wydłużeniu i trwać wiele miesięcy, a nawet kilka lat. Każdorazowo istotne jest to, by organ zwrócił podatek w rozsądnym termnie. Czy za taki termin uznać można jednak np. okres 7 lat? Co uważają w tym zakresie sądy?  

Sprawdź poniżej, co wynika z wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 11 lutego 2025 r. (I SA/Łd 739/24), wydanym w sprawie, w której byłem pełnomocnikiem podatnika skarżącego postanowienie organu o przedłużeniu terminu zwrotu VAT.  

Kiedy urząd może przedłużyć zwrot VAT? 

Zgodnie z art. 87 ust. 2 zdanie 2 ustawy o VAT, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. 

Organy nie wskazują konkretnych wątpliwości 

Przywołany przepis jest bardzo ogólnikowy i niestety pozostawia organom zbyt dużą swobodę w przedłużaniu zwrotów VAT. Wynika z niego, że do przedłużenia terminu zasadność zwrotu wymagać musi dodatkowego zweryfikowania, co z punktu widzenia organów podatkowych następuje już przez samo prowadzenie postępowania wyjaśniającego. Nierzadko, w ocenie naczelnika urzędu skarbowego wystarczające jest samo wszczęcie czynności sprawdzających, a nawet ponowne rozpatrywanie sprawy po uchyleniu uprzednio zaskarżonej decyzji, bez potrzeby wykazywania konkretnych wątpliwości co do zasadności zwrotu. 

W efekcie, nawet ponowne rozpoznanie sprawy – wynikające np. z uchylenia decyzji przez organ odwoławczy lub sąd – staje się w ocenie organu wystarczającą przesłanką do dalszego wstrzymywania zadeklarowanego przez podatnika zwrotu. Takiego zachowania organu nie sposób jednak zaaprobować. 

Kluczowe trzy przesłanki 

Z przywołanego przepisu wynika, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku może zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki. Po pierwsze, termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął. Po drugie, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywać się musi w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego. Wreszcie po trzecie, stwierdzenie przez organ, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania opierać się musi co najmniej na uprawdopodobnionych przesłankach. 

Przesłanki przedłużenia zwrotu według sądów 

W kontekście prawidłowego rozumienia pojęcia „uprawdopodobnienia” wypowiedział się np. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach. W wyroku z dnia 25 listopada 2010 r. (sygn. akt I SA/Ke 322/10) podkreślił, że: „z uprawdopodobnieniem wiąże się ustalenie jakiegoś faktu w oparciu o wiarygodne środki dowodowe, pozwalające na przekonanie się przez organ podatkowy o zgodności danych faktów z rzeczywistością. 

Z kolei, jak wskazano w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 14 marca 2024 r. (I SA/Gl 1475/23), „W uzasadnieniu rozstrzygnięcia organ podatkowy powinien wskazać powód przedłużenia terminu zwrotu i przedstawić stronie istniejące w tym przedmiocie wątpliwości. Oznacza to, że postanowienie przedłużające termin wnioskowanego przez stronę zwrotu powinno wskazywać konkretne przyczyny dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności tego zwrotu i je uzasadniać. Organ zobowiązany jest każdorazowo przedstawić istniejące wątpliwości powodujące konieczność dalszej weryfikacji rozliczenia za dany okres”. 

Warto również zwrócić uwagę na przywołany na wstępie wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi o sygn. akt I SA/Łd 739/24. Sprawa ta dotyczy podatnika, który zawnioskował o zwrot VAT w 2016 r., w której organ pomimo uchylenia pierwotnie wydanej przez siebie decyzji podatkowej (po zapadłych korzystnych dla podatnika wyrokach sądów obu instancji w sprawie merytorycznej) zdecydował się na dalsze przedłużanie terminu zwrotu podatku, powołując się przy tym wyłącznie na konieczność dalszego gromadzenia materiału dowodowego mającego na celu ustalenie, czy w sprawie doszło do oszustwa VAT (czego zdaniem Sądów organy obu instancji nie uczyniły przez 6 lat toczącego się sporu podatkowego). 

W przywołanym  wyroku wskazano, że: „przekroczenie terminu do wydania przez organ postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynika (…) z samego faktu wydania decyzji wymiarowej, która została uchylona w następstwie kontroli sądowej”. Zdaniem Sądu, w przywołanej sprawie niedopuszczalność przedłużania terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym po wydaniu decyzji wymiarowej kończącej ostatecznie proces weryfikacji zasadności zwrotu”. Tożsamy pogląd Sąd ten wyraził również w wyrokach o sygn. akt I SA/Łd 740/24, I SA/Łd 49/25 oraz I SA/Łd 87/25. 

Wnioski z powyższego orzeczenia są więc jasne: ponowne rozpoznanie sprawy, tj. po uchyleniu decyzji wymiarowej nie daje naczelnikowi urzędu skarbowego prawa do dalszego przedłużania zwrotu z uwagi na ponowne domniemanie złożonej prawdziwości deklaracji podatkowej, w której wskazano kwotę VAT do zwrotu.  

Co może zrobić zatem podatnik? 

Przedłużenie zwrotu VAT to uprawnienie organów, z którego mogą one korzystać w sytuacji wystąpienia wskazanych w ustawie przesłanek. Postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku nie może być jednak dowolne i trwać w  „nieskończoność”. Jeśli podatnik kwestionuje jego zasadność, ma prawo wnieść zażalenie do organu wyższej instancji (właściwego dyrektora izby administracji skarbowej) i domagać się jego uchylenia. W zażaleniu warto domagać się przy tym wskazania konkretnych przyczyn oraz dowodów na istnienie wskazywanych przez urząd skarbowy wątpliwości co do zasadności zwrotu.