Wspólne rozliczenie decyzji o wsparciu oraz zezwolenia SSE

Łączne rozliczanie zwolnień podatkowych, które wynikają z zezwoleń wydawanych w ramach SSE i decyzji o wsparciu oraz ich chronologia mają kluczowe znaczenie. Prowadzi to bowiem do prawidłowego zakwalifikowania kosztów i przychodów oraz późniejszego wyliczenia przysługującego zwolnienia w podatku dochodowym. W przypadku, gdy zezwolenia czy decyzje o wsparciu znajdują się w tej samej specjalnej strefie ekonomicznej przepisy nie zakazują prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu.

Spis treści

1. Co wynika z przepisów
2. Stanowisko organów podatkowych
3. Stan faktyczny ma znaczenie
4. Stanowisko sądów administracyjnych i NSA
5. Podsumowanie

Co wynika z przepisów

Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Z kolei w myśl art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT wolne od podatku są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o wspieraniu nowych inwestycji i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.

Z art. 12 ust. 2 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych wynika, że w przypadku, gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń.

Natomiast z art. 13 ust. 6 ustawy o wspieraniu nowych inwestycji wynika, że także w przypadku, gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania decyzji o wsparciu.

Z kolei w art. 13 ust. 7 ustawy o wpieraniu nowych inwestycji przewidziano, że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio.

Stanowisko organów podatkowych

Zdaniem organów podatkowych, które bezpośrednio odwołują się do objaśnień Ministra Finansów z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o wspieraniu nowych inwestycji, w przedsiębiorstwach korzystających ze zwolnienia podatkowego z tytułu realizacji nowej inwestycji na podstawie decyzji o wsparciu nie wystarczy standardowa ewidencja kosztów z rozróżnieniem kosztów w rozumieniu prawa bilansowego i kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.

Organy uważają, że uzyskujący dochody z działalności gospodarczej, w ramach której realizowana jest nowa inwestycja, określona w decyzji o wsparciu, powinien poprzez odpowiednie zmiany w przyjętych zasadach (polityce) rachunkowości dokonać wyodrębnienia w ewidencji księgowej operacji gospodarczych dotyczących tej działalności. Dokonane zmiany powinny umożliwić uzyskanie informacji, które są wymagane w zakresie rozliczania przychodów, kosztów uzyskania przychodów oraz dochodu.

Analogicznemu wyodrębnieniu, według organów podatkowych powinna podlegać również ewidencja przychodów i kosztów działalności prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie wydanego zezwolenia.

Z tego względu w każdym przypadku organy wskazują, że konieczne jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu, albowiem dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.

Stanowiska organów są jednak kwestionowane przez sądy administracyjne np.:

• Interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 24 września 2024 r., nr: 0111-KDIB1-3.4010.367.2024.1.DW - uchylona wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu z dnia 22 stycznia 2025 r., sygn. akt. I SA/Op 1042/24,
• interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 23 sierpnia 2023 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.379.2023.2.JG – uchylona wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie z dnia 17 stycznia 2024 r., sygn. akt I SA/Lu 632/23.

Stan faktyczny ma znaczenie.

Co jednak w sytuacji, gdy podatnik zrealizował na terenie strefy przedsięwzięcie inwestycyjne polegające na wybudowaniu zakładu produkcyjnego, w którym prowadzona jest działalność gospodarcza, a etap inwestycyjny wynikający z zezwolenia został już zakończony. Co również, gdy następnie w ramach nowej inwestycji nabędzie i uruchomi np. dodatkową linię produkcyjną w budynku powstałym jeszcze w ramach zezwolenia. W takim przypadku chociażby kody PKWiU działalności wskazane w zezwoleniu oraz w decyzji o wsparciu będą identyczne. Również teren realizacji nowej inwestycji wynikający z decyzji o wsparciu będzie pokrywał się z terenem realizacji inwestycji wskazanej w treści zezwolenia. Dojdzie więc do sytuacji, że nie będzie możliwe wyodrębnienie osobnego dochodu zwolnionego, który wynika z zezwolenia oraz dochodu zwolnionego, który wynika z decyzji o wsparciu.

W takiej sytuacji należałoby prowadzić jednolite wyliczenie dochodu zwolnionego z CIT i zwolnić dochód wygenerowany ze sprzedaży wyrobów określonych kodami PKWiU wskazanymi w zezwoleniu i decyzji, przyjmując chronologiczną zasadę rozliczania puli pomocy publicznej, wykorzystując w pierwszej kolejności pomoc publiczną wynikającą z zezwolenia, o ile ta pula nie została jeszcze wyczerpana, a zezwolenie w dalszym ciągu obowiązuje.

Takiego stanowiska nie potwierdzały dotychczas organy podatkowe, aczkolwiek sytuacja ta może się znacząco zmienić uwzględniając interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 3 lutego 2025 r., nr. 0111-KDIB1-3.4010.288.2020.11.AN. Ta jednak została wydana dopiero z uwzględnieniem wydanego w sprawie wyroku NSA z 28 maja 2024 r., sygn. akt II FSK 1119/21.

Stanowisko sądów administracyjnych i NSA

Zdaniem NSA w powołanym wyroku z 28 maja 2024 roku możliwe jest prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia strefowego i na podstawie decyzji o wsparciu. W takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji.

Nie ma wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach zezwolenia lub na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Taki obowiązek można wywieźć z art. 12a ust. 1 ustawy specjalnych strefach ekonomicznych oraz z art. 19 ustawy o wspieraniu nowych inwestycji.

Przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, ale nie wymagają, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Obowiązku takiego nie można wyprowadzić także z art. 17 ust. 4 ustawy o CIT, zgodnie z którym zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Wskazany przepis odnosi się do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej.

Nie ma także znaczenia w tym zakresie art. 17 ust. 6a ustawy o CIT. Nakazuje on organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkości zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej.

Podsumowanie

Obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, wynikający z art. 9 ust. 1 ustawy o CIT ma zapewnić możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Nie odnosi się on jednak do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu. Pod warunkiem oczywiście, że wszystkie zezwolenia czy decyzje o wsparciu znajdują się w tej samej specjalnej strefie ekonomicznej.